법인

가지급금을 남긴 채 폐업한 법인, 그 돈은 어디로 가는가 (익금산입, 대표자 상여, 특수관계 소멸)

회사 사정이 어려워 문을 닫기로 결정할 때, 대표님들이 가장 늦게 떠올리는 항목이 가지급금입니다. 매출도 없고 직원도 정리했고 임대차도 끝냈으니 사업자등록만 정리하면 마무리된다고 생각하기 쉽습니다. 그런데 장부에는 대표에게 나간 돈이 그대로 남아 있습니다.

이때 나오는 질문이 둘로 나뉩니다. 하나는 "회사가 없어지면 그 돈도 없어지는 것 아닌가"이고, 다른 하나는 "폐업하는 순간 전부 내 소득으로 잡힌다던데 사실인가"입니다. 결론부터 말씀드리면 둘 다 사실이 아닙니다. 법원이 세운 기준은 그 중간에 있고, 결과를 결정하는 것은 폐업 그 자체가 아니라 폐업한 다음에 그 법인이 무엇을 했는지입니다.

조문과 판결을 순서대로 정리합니다.

폐업과 해산, 청산은 같은 말인가

세 가지는 서로 다른 절차이고, 근거 법률도 다릅니다.

폐업은 부가가치세법의 문제입니다. 제8조 제7항은 사업장 관할 세무서장이 등록된 사업자가 폐업한 경우 등에 해당하면 지체 없이 사업자등록을 말소하도록 정하고 있습니다. 사업자등록이라는 세무상 지위가 정리되는 것이지 법인이라는 인격이 사라지는 것이 아닙니다.

해산과 청산은 상법의 문제입니다. 해산 결의를 하고 해산등기를 하면 청산 절차가 시작되고, 채권을 회수하고 채무를 갚고 남은 재산을 주주에게 분배한 다음 청산종결등기를 해야 법인격이 소멸합니다.

이 구분이 실무에서 계속 어긋납니다. 폐업신고만 해두고 법인 등기는 손대지 않은 회사가 대단히 많기 때문입니다. 법인은 등기부에 그대로 살아 있고, 자산과 부채도 그대로 남아 있습니다.

여기에 더해 알아두실 것이 있습니다. 폐업은 대표가 신고해야만 되는 것이 아닙니다. 부가가치세법 시행령 제15조 제2항은 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우를 다섯 가지로 정하고 있고, 세무서장은 이에 해당하면 직권으로 사업자등록을 말소합니다.

호직권 말소 사유
1호사업자등록 후 정당한 사유 없이 6개월 이상 사업을 시작하지 아니하는 경우
2호부도발생, 고액체납 등으로 도산하여 소재 불명인 경우
3호인가·허가의 취소 또는 그 밖의 사유로 사업을 수행할 수 없어 사실상 폐업상태에 있는 경우
4호정당한 사유 없이 계속하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부가가치세를 신고하지 아니하고 사실상 폐업상태에 있는 경우
5호그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로 사실상 사업을 시작하지 아니하는 경우

조세심판원 2022. 5. 23. 조심2022중1906 결정이 실제 사례입니다. 1995년에 개업해 환경 산업기자재 제조·도매업을 하던 법인이 사업장 소재지에서 퇴거해 소재가 불분명하고 고액체납 상태라는 이유로 2018년 6월 세무서장에 의해 직권폐업 처리되었습니다. 그 뒤 세무조사에서 폐업 당시 회수되지 않은 대표자 가지급금이 확인되어 상여로 소득처분되었고, 청구인은 직권폐업 요건에 해당하지 않는다고 다투었으나 기각되었습니다.

심판원이 든 이유 중 하나가 뼈아픕니다. 청구인이 직권폐업 이후에는 불복도 사업재개 신청도 하지 않다가, 세무조사 결과 세금이 부과되자 그제야 직권폐업이 부당하다고 주장했다는 점입니다.

폐업하면 가지급금은 사라지는가

사라지지 않습니다. 가지급금은 법인이 대표에게 가진 채권이고, 법인이 살아 있는 한 그 채권도 살아 있습니다. 폐업은 사업자등록을 정리한 것이지 채권을 소멸시키는 사건이 아닙니다.

세법이 말하는 가지급금이 무엇인지부터 정리하겠습니다. 회계에서 쓰는 임시 계정과는 다릅니다. 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목은 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등이라고 정하고, 시행령 제53조 제1항은 이를 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액으로 정의합니다. 계정과목을 무엇으로 달았는지가 아니라 성격으로 판단합니다.

법인이 남아 있는 동안 이 채권은 계속 세무상 효과를 냅니다. 법인세법 제28조 제1항 제4호에 따라 차입금 이자 중 일정액이 손금에서 빠지고, 무상이거나 낮은 이율로 두면 제52조의 부당행위계산 부인에 따라 인정이자가 익금에 산입됩니다.

법인을 정식으로 청산하는 경우도 마찬가지입니다. 법인세법 제79조 제1항은 해산에 의한 청산소득을 잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재 자기자본의 총액을 공제한 금액으로 계산하도록 정하고 있습니다. 대표에 대한 채권도 잔여재산에 들어갑니다. 제84조 제1항 제1호는 잔여재산가액확정일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 신고하도록 하고, 같은 조 제3항은 청산소득 금액이 없는 경우에도 신고 의무가 있다고 정합니다.

법인이 세금을 내지 못하고 사라지면 그 부담이 사람에게 넘어오는 경로도 있습니다.

국세기본법 제38조 제1항은 법인이 해산하여 청산하는 경우 국세를 납부하지 않고 잔여재산을 분배하거나 인도했을 때, 그 법인에 강제징수를 하여도 징수할 금액에 미치지 못하면 청산인 또는 잔여재산을 분배받거나 인도받은 자가 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 지도록 정합니다. 한도는 같은 조 제2항이 정하고 있습니다. 청산인은 분배하거나 인도한 재산의 가액, 분배받은 자는 각자가 받은 재산의 가액입니다.

제39조는 비상장법인의 재산으로 국세에 충당하여도 부족한 경우, 납세의무 성립일 현재 과점주주에게 제2차 납세의무를 지웁니다. 과점주주는 주주 1명과 그 특수관계인의 소유주식 합계가 발행주식총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들입니다.

대손처리로 털어낼 수 있는가

받을 수 없는 돈이라면 대손으로 정리하면 되지 않느냐는 질문을 자주 받습니다. 이 경로는 법에서 막혀 있습니다.

법인세법 제19조의2 제1항은 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권을 손금에 산입하도록 하고 있습니다. 그런데 같은 조 제2항이 이렇게 이어집니다.

"② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에는 적용하지 아니한다. 2. 제28조제1항제4호나목에 해당하는 가지급금(假支給金) 등. 이 경우 특수관계인에 대한 판단은 대여시점을 기준으로 한다."

읽어야 할 부분이 두 군데입니다.

첫째, 적용하지 아니한다입니다. 대손 요건을 못 갖춘다는 뜻이 아니라 제1항이라는 규정 자체가 걸리지 않습니다. 회수할 수 없는 사유가 무엇인지 따져볼 기회 자체가 오지 않습니다.

둘째, 특수관계인에 대한 판단은 대여시점을 기준으로 한다입니다. 나중에 대표에서 물러나 특수관계가 끊어져도 대여 당시에 특수관계인이었다면 결과는 같습니다.

정리하면 가지급금은 장부에서 손금으로 지워 없앨 수 있는 항목이 아닙니다.

세금은 언제 부과되는가

과세가 이루어지는 시점을 정한 조문이 법인세법 시행령 제11조 제9호입니다. 2019년 2월 12일 대통령령 제29529호로 개정되기 전에는 제9호의2였고, 아래에서 볼 판결들은 모두 구 조문번호로 되어 있습니다.

"9. 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 "가지급금등"이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 재정경제부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다. 가. 제2조제8항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다) 나. 제2조제8항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자"

가목이 원금과 이자 전체를, 나목이 이자만을 다룹니다. 기준 시점도 다릅니다. 가목은 특수관계가 소멸되는 날, 나목은 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년입니다.

익금에 산입한 다음 순서는 소득처분입니다. 시행령 제106조 제1항 제1호는 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우 귀속자에 따라 처분하도록 하면서, 나목에서 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여로 정합니다. 같은 호 단서는 귀속이 불분명한 경우 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 정하고 있습니다.

여기서 나온 상여는 근로소득이 되어 대표 개인의 종합소득세로 이어집니다.

이 조항은 법인세를 걷으려는 규정인가

아닙니다. 이 조항의 성격을 대법원이 명확히 밝혀두었습니다.

대법원 2021. 7. 29. 선고 2020두39655 판결은 시행령 조항이 모법의 위임 범위를 벗어났는지가 쟁점이 된 사건에서 이렇게 정리했습니다.

"법인이 정당한 사유 없이 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 않은 업무무관 가지급금 등은 구 법인세법 제15조 제1항이 정한 익금에는 해당하지 않지만 소득처분을 위한 조세정책상 이유로 익금으로 보는 것"

익금의 정의는 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익입니다. 돈을 못 받았는데 순자산이 늘어날 리 없습니다. 그런데도 익금으로 보는 이유는 대표 개인에게 소득세를 부과하기 위해 법인 장부를 한 번 경유시켜야 하기 때문입니다.

같은 취지가 대법원 2021. 8. 12. 선고 2018두34305 판결에도 나옵니다.

"이 사건 시행령 조항은 (…) 세법상으로는 그 이자의 회수를 포기하였다고 보아 특수관계인에 대한 소득처분의 전제로서 그 이자 상당액을 익금에 산입하려는 취지의 규정으로, 이러한 이자의 회수 포기는 일단 그 이자 상당액만큼 법인의 순자산이 증가하였다가 같은 금액만큼 사외유출되는 거래로 관념할 수 있다."

법인이 결손이든 폐업했든 상관없이 대표에게 세금이 부과되는 이유가 여기 있습니다. 이 조항은 처음부터 법인세가 아니라 대표 개인의 소득세를 겨냥하고 있습니다.

이 사건 사실관계도 참고하실 만합니다. 원고 법인은 미수이자를 계상한 뒤 다음 사업연도에 반제 처리를 하면서 같은 금액을 가지급금 원본에 더하는 회계처리를 반복했고, 나중에는 이사회 의결로 특수관계인들에게 이자 상당액을 다시 대여한 다음 은행계좌 입출금을 반복해 미수이자를 회수한 것처럼 정리했습니다. 과세관청은 이를 회수로 보지 않았고, 대법원은 시행령 조항이 유효하다고 보아 원심을 파기환송했습니다. 장부상 돌려막기는 회수가 아닙니다.

폐업하면 특수관계가 곧바로 소멸하는가

가목이 적용되려면 특수관계가 소멸해야 합니다. 그러면 폐업이 곧 특수관계 소멸인지가 문제됩니다.

원칙은 아닙니다. 서울고등법원 2007. 4. 10. 선고 2006누12519 판결이 기준을 세웠고, 상고심인 대법원 2007. 7. 26. 선고 2007두8416 판결은 심리불속행으로 기각했습니다.

"주식회사의 경우 부가가치세법상 폐업신고를 하더라도 법인이 해산되어 청산사무가 종결될 때까지는 특수관계가 유지되는 것이 원칙"

대법원 2021. 8. 12. 선고 2020두51723 판결도 같은 방향입니다. 이 사건에서 과세관청은 법인이 직권폐업되었고 그로부터 3년 내에 회사를 계속하지 않아 청산이 종결된 것으로 간주되므로 특수관계가 소멸했다고 주장했는데, 대법원은 이렇게 답했습니다.

"이 사건 시행령 조항은 법인과 그 특수관계인 사이에 존재하던 특수관계가 소멸하였음을 적용요건으로 하는데, ○○○○이 2015. 12. 31. 직권 폐업되었다는 사정만으로는 ○○○○과 원고 사이에 존재하던 특수관계가 바로 소멸하였다고 볼 수 없고, 직권 폐업 후 3년 내에 회사를 계속하지 않으면 청산이 종결된 것으로 간주된다는 근거도 없다."

과세관청은 이 사건에서 두 갈래로 과세를 시도했습니다. 시행령 제11조 제9호 가목으로 익금에 산입하는 경로와, 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인으로 접근하는 경로입니다. 두 번째 경로에 대해서도 대법원은 원심 판단을 그대로 유지했습니다.

"원심은 (…) 직권 폐업될 당시까지 원고로부터 이 사건 가지급금을 회수하지 못하였다는 사정만으로는 그 회수를 포기하였다거나 회수가 불가능하게 되었다고 볼 수 없다는 등의 이유로, ○○○○의 이 사건 가지급금 미회수가 부당행위계산부인의 대상에 해당하지 않는다고 판단하였다. (…) 원심의 이러한 판단은 정당하고"

두 경로 모두 막혔고, 과세관청이 패소했습니다.

그런데도 폐업일에 과세된 사건들은 무엇이 달랐는가

원칙에는 예외가 붙어 있습니다. 앞서 본 서울고등법원 2006누12519 판결의 같은 문단이 이어집니다.

"다만 예외적으로 외관상 해산사유가 발생하지 아니하여 청산절차가 개시되지 아니하였다고 하더라도, 특수관계인에 대한 가지급금을 회수하지 아니한 채 폐업상태를 유지하여 실질에 있어 해산 또는 청산된 것과 다름없는 상태에 이르렀음에도 해산 또는 청산이 이루어지지 않았다는 이유로 장기간 세금을 부과할 수 없게 된다면 청산절차가 종결된 법인에 비하여 불공평한 취급을 하게 되는 결과가 되어 조세공평의 원칙에 반하는 경우와 같은 특별한 사정이 있는 경우에는 폐업일에 특수관계가 소멸하였다고 볼 수 있다."

이 예외가 실제로 인정된 사건이 대구지방법원 2024. 5. 22. 선고 2023구합1298 판결입니다. 항소심인 대구고등법원 2025. 1. 10. 선고 2024누11274 판결에서 항소가 기각되었고, 대법원 2025. 5. 1. 선고 2025두32876 판결로 심리불속행 기각되어 확정되었습니다.

부동산 임대업 등을 하던 법인이 2015년 7월 28일 폐업했고, 그 직전 사업연도 신고서에는 주주·임원·직원에 대한 단기대여금 785,240,857원과 미수수익 55,503,772원이 계상되어 있었습니다. 과세관청은 여기에 인정이자 30,133,886원을 더한 870,878,515원을 대표에게 상여로 소득처분했습니다. 이 중 앞선 처분에 이미 반영된 505,103,440원을 뺀 365,775,075원이 종합소득세에 합산되었고, 부과된 세액은 149,773,150원입니다.

법원이 예외를 인정한 근거는 이렇습니다.

"이 사건 회사는 2015. 7. 28. 폐업일 무렵 및 그 이후 영업활동을 하지 않은 것으로 보이고 결국 2021. 12. 1. 상법 제520조의2 제1항에 의하여 해산간주된 점, 이 사건 회사가 원고에 대해 가지급금 등을 회수하려고 노력한 사정은 전혀 보이지 않는바, 이는 이 사건 회사가 원고에 대해 가지급금 채권의 회수를 포기한 것으로 평가할 수 있는 점"

같은 논리 구조인데 결론이 정반대로 난 두 사건을 나란히 놓으면 기준이 분명해집니다.

비교 항목대구지방법원 2023구합1298 (과세 유지)수원고등법원 2019누14021 (과세 취소)
폐업 이후 사업폐업일 무렵과 그 이후 영업활동 없음폐업일 이후에도 투자계약 체결 등 사업 계속
해산·청산 상태2021. 12. 1. 상법 제520조의2로 해산간주청산이 종결되었거나 간주되었다고 볼 증거 없음
대표 지위폐업 직전 명목상 대표로 교체변론종결 시까지 사내이사로 등재
회수 노력회수하려고 노력한 사정이 전혀 없음미회수 사실만으로 회수 포기로 볼 수 없음
결과870,878,515원 상여, 종합소득세 149,773,150원상여처분 부분 위법, 4,683,014원 초과분 취소

수원고등법원 2020. 10. 7. 선고 2019누14021 판결은 앞서 본 대법원 2020두51723 사건의 원심입니다. 과세관청이 세무조사 과정에서 이 법인을 2015년 12월 31일자로 직권폐업 처리하고 사업연도말 가지급금 잔액 523,818,286원을 대표에게 상여로 처분해 종합소득세를 부과했으나, 법원은 상여처분 부분을 위법하다고 보았습니다.

판단 기준은 폐업 그 자체가 아닙니다. 폐업한 뒤에 그 법인이 사업을 계속했는지, 채권을 회수하려고 무엇이라도 했는지, 대표가 그 자리에 남아 있는지를 봅니다.

등기를 방치하면 어떻게 되는가

상법 제520조의2가 휴면회사의 해산을 정하고 있습니다.

"① 법원행정처장이 최후의 등기후 5년을 경과한 회사는 (…) 아직 영업을 폐지하지 아니하였다는 뜻의 신고를 할 것을 관보로써 공고한 경우에, 그 공고한 날에 이미 최후의 등기후 5년을 경과한 회사로써 공고한 날로부터 2월 이내에 (…) 신고를 하지 아니한 때에는 그 회사는 그 신고기간이 만료된 때에 해산한 것으로 본다." "④ 제1항의 규정에 의하여 해산한 것으로 본 회사가 제3항의 규정에 의하여 회사를 계속하지 아니한 경우에는 그 회사는 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다."

여기서 반드시 짚어야 할 것이 있습니다. 이 조문의 기산점은 최후의 등기 후 5년입니다. 폐업일이 아닙니다. 폐업은 부가가치세법상 사업자등록의 문제이고, 해산간주는 상법상 등기의 문제입니다. 두 절차는 서로 다른 시계로 움직입니다.

앞서 본 대법원 2020두51723 판결에서 과세관청은 직권폐업을 상법상 해산 사유로 끌어다 썼고, 대법원은 "직권 폐업 후 3년 내에 회사를 계속하지 않으면 청산이 종결된 것으로 간주된다는 근거도 없다"고 판단했습니다.

대구지방법원 2023구합1298 사건에서도 마찬가지였습니다. 2015년 7월 28일 폐업했지만 해산간주는 2021년 12월 1일에 발생했고, 그 사이가 6년이 넘습니다. 그리고 과세는 해산간주일이 아니라 폐업일 기준으로 이루어졌습니다. 해산간주 사실은 특수관계 소멸을 직접 만들어낸 요소가 아니라, 그 법인이 실질적으로 청산된 것과 다름없는 상태였다는 점을 뒷받침하는 정황으로 쓰였습니다.

회수하지 않아도 되는 정당한 사유란 무엇인가

시행령 제11조 제9호 본문 단서가 정당한 사유가 있으면 제외한다고 정하고, 그 내용은 법인세법 시행규칙 제6조의2가 네 가지로 열거합니다.

호익금산입 배제 사유
1호채권·채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우
2호특수관계인이 회수할 채권에 상당하는 재산을 담보로 제공하였거나 특수관계인의 소유재산에 대한 강제집행으로 채권을 확보하고 있는 경우
3호해당 채권과 상계할 수 있는 채무를 보유하고 있는 경우
4호그 밖에 제1호부터 제3호까지와 비슷한 사유로서 회수하지 아니하는 것이 정당하다고 인정되는 경우

2호와 3호는 채권을 확보해 둔 상태를 요구합니다. 특수관계인이 채권에 상당하는 재산을 담보로 제공했거나, 법인이 그 채권과 상계할 수 있는 채무를 보유하고 있는 경우입니다. 조문이 요구하는 것은 의사가 아니라 상태입니다.

4호는 열린 조항이지만 판단이 간단하지 않습니다. 국세청 기준-2022-법무법인-0201(2022. 12. 23.) 회신이 참고가 됩니다. 전 대표자가 사업양수도 계약에 따라 자신의 가지급금 채무를 양수인에게 승계시킨 경우 특수관계 소멸 시까지 회수하지 않은 가지급금을 익금에 산입해 상여로 처분해야 하는지가 질의였습니다.

국세청은 제4호의 회수하지 아니하는 것이 정당하다고 인정되는 경우에 해당할 수 있다고 하면서도 사실판단 사항이라고 회신했습니다. 판단할 때 볼 것으로 양수도계약서 등의 계약내용, 매매대금 산정 시 가지급금 포함 여부, 가지급금 원장, 회수가능성을 들었습니다.

계약서에 채무 승계를 적어두는 것만으로 끝나지 않고, 매매대금을 정할 때 그 가지급금이 실제로 반영되었는지까지 본다는 뜻입니다.

채권이 소멸하면 과세도 멈추는가

채권이 실제로 없어졌다면 그 뒤로는 채권 보유를 전제로 한 과세를 할 수 없습니다. 이 법리는 오래전에 정리되었습니다.

대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두16561 판결입니다.

"지급이자 손금불산입이나 인정이자 익금산입을 하기 위해서는 당해 법인이 구상금 채권을 보유하고 있음이 전제가 되어야 하므로 만약 그 법인이 특수관계자에 대한 구상금 채권을 포기하였다면 (…) 그 후에는 더 이상 그 구상금채권의 보유를 전제로 한 지급이자 손금불산입이나 인정이자 익금산입을 할 수는 없다"

최근 판결에서도 같은 흐름이 확인됩니다. 서울행정법원 2026. 5. 23. 선고 2024구합89474 판결은 특수관계법인들에게 자금을 대여한 법인이 원고인 사건입니다. 원고는 그 대여금을 업무무관 가지급금으로 보아 지급이자를 손금불산입하고 인정이자를 익금산입해 신고해 왔는데, 채무자인 특수관계법인들이 제기한 채무부존재확인 소송에서 소멸시효 완성이 확정되자 이를 근거로 경정청구를 했습니다.

법원은 두 갈래를 모두 인정했습니다. 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 보았고, 실체법상 이미 소멸시효가 완성된 채권에 대해서는 같은 조 제1항의 통상적 경정청구 사유도 인정했습니다.

"소멸시효가 완성되면 채권은 실체법상 당연히 소멸하고(민법 제167조), 소멸시효 항변에 관한 주장이 있어야 법원이 이를 판단할 수 있다는 것은 변론주의에 따른 소송법상의 원칙에 불과하다"

다만 이 판결을 그대로 대표 가지급금 사건에 옮겨 적용하기 어렵습니다. 한계가 세 가지입니다.

첫째, 후발적 경정청구는 기판력이 미치는 범위까지만 인정되었습니다. 법원은 관련 판결의 심판대상이 특정 채무의 존부에 한정되므로 그 기판력이 대여금 채권 전체의 소멸시효 완성 여부에까지 미친다고 볼 수 없다고 판단했습니다.

둘째, 통상적 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에만 가능합니다. 시효가 완성된 사실이 인정되어도 경정청구기간이 지난 사업연도는 되돌릴 수 없습니다.

셋째, 그리고 이것이 가장 중요합니다. 소멸시효는 완성된 이후 사업연도에만 효력이 있습니다. 대구고등법원 2024누11274 판결에서 납세자가 같은 주장을 했다가 배척되었습니다.

"이 사건 회사 폐업 시까지 회수하지 아니한 위 채권은 2015 사업연도 당시 소멸시효가 완성되지 않아 2015 사업연도 소득금액을 계산할 때 인정이자 산입대상이 되는 채권이라고 할 것이므로 (…) 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다"

특수관계 소멸로 과세가 확정되는 시점이 시효 완성보다 먼저 오면 시효는 아무 역할을 하지 못합니다. 순서가 결과를 정합니다.

회수 시점에 따라 결과가 어떻게 달라지는가

실제로 회수가 이루어진 사건에서는 과세가 취소되었습니다. 그 회수가 언제까지 이루어졌는지를 보여주는 판결이 앞서 본 서울고등법원 2006누12519 사건입니다. 사실관계를 시간순으로 보겠습니다.

시점사실
2002. 6. 30.영업 부진과 결손 누적으로 폐업, 7. 10. 폐업신고
2002~2003 사업연도법인세 신고하지 않음
2003. 10. 20.~11. 7.지방국세청의 세무서 업무감사에서 적발, 상여처분 통보
2003. 10. 30.사업자등록 재등록
2003. 11. 5.청산인 취임, 임시주주총회 해산결의
2003. 11. 17.해산등기
2003. 11. 26.가지급금과 이자 225,662,155원 전액을 법인계좌로 입금
2004. 1. 13.청산종결등기

과세관청은 폐업일인 2002년 6월 30일에 특수관계가 소멸했고 가지급금 149,215,000원과 인정이자 14,938,143원을 합한 164,153,143원이 사외유출되었다고 보아 종합소득세 50,833,790원을 부과했습니다. 법원의 판단은 이렇습니다.

"비록 원고가 폐업일로부터 1년여가 지나 해산 및 청산절차를 개시하고, 이 사건 가지급금과 이자를 변제하게 된 것이 피고로부터 소득처분을 받은 것을 염려하여 한 것이라 하더라도 ○○○○ 폐업일에 특수관계가 소멸하였다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 경우라고 볼 수는 없다 할 것이어서, ○○○○의 청산종결까지는 여전히 특수관계가 유지되었다고 할 것이고, ○○○○은 특수관계가 소멸하기 전에 이 사건 가지급금과 이자를 회수하였으므로 이 사건 가지급금과 이자가 사외 유출되었다고 볼 수 없다."

세무조사에 걸린 뒤에 갚은 것이어도, 청산이 종결되기 전이라면 사외유출로 보지 않았습니다. 과세관청은 이 변제가 가장행위라고 다투었으나 법원은 인정할 증거가 부족하다고 보았습니다.

법원이 함께 본 사정이 하나 더 있습니다. 폐업 직전 사업연도 대차대조표에 가지급금과 미수이자가 자산으로 계상되어 있었다는 점입니다. 법원은 이를 두고 회사가 회수할 의사를 가지고 반환채권을 자산으로 파악하고 있었다고 보았습니다. 장부에 그대로 적어둔 것이 오히려 회수 의사의 증거가 되었습니다.

여기까지 본 사건들을 놓고 보면, 결론을 바꾼 사정이 무엇이었는지가 드러납니다. 다만 사실관계에 따라 판단이 달라지므로 아래가 요건 목록은 아닙니다.

회수가 실제로 이루어졌는지. 2006누12519에서는 청산종결등기 전에 전액이 법인계좌로 입금되었고, 법원은 사외유출이 없다고 보았습니다. 2023구합1298에서는 회수하려고 노력한 사정이 전혀 보이지 않는다는 점이 예외 인정의 근거가 되었습니다.

회수가 언제 이루어졌는지. 원칙적으로 특수관계는 청산사무가 종결될 때까지 유지되므로, 그 전에 회수되었는지가 판단의 기준이 되었습니다. 2006누12519에서는 폐업일로부터 1년여가 지난 시점이었는데도 청산종결 전이라는 이유로 인정되었습니다.

시행규칙 제6조의2의 사유가 갖춰져 있는지. 담보 제공이나 상계할 수 있는 채무 보유가 여기에 해당합니다. 국세청 회신이 밝힌 대로 해당 여부는 사실판단 사항입니다.

폐업 이후 법인이 어떤 상태였는지. 영업활동이 없고 회수 노력도 없는 상태가 이어지면 실질적으로 청산된 것과 다름없다는 평가로 이어집니다. 반대로 사업을 계속했고 대표가 그 자리에 남아 있던 2019누14021에서는 과세가 취소되었습니다.

정리하면

1. 폐업은 사업자등록의 문제이고 법인격은 그대로 남습니다. 가지급금은 법인의 채권으로 살아 있고, 법인세법 제19조의2 제2항 제2호가 대손금 규정의 적용 자체를 배제하고 있어 장부에서 지워 없앨 수 없습니다.

2. 원칙적으로 청산사무가 종결될 때까지 특수관계가 유지됩니다. 대법원 2020두51723 판결은 직권폐업만으로 특수관계가 바로 소멸한다고 볼 수 없다고 판단했고, 상법 제520조의2의 해산간주는 최후 등기 후 5년을 기산점으로 하므로 폐업과는 별개로 진행됩니다.

3. 예외는 회수 노력이 없을 때 열립니다. 대구지방법원 2023구합1298 사건에서는 폐업 이후 영업활동이 없고 회수하려고 노력한 사정이 전혀 없다는 점이 인정되어 폐업일에 특수관계가 소멸한 것으로 보았고, 870,878,515원이 대표자 상여로 처분되었습니다. 반면 수원고등법원 2019누14021 사건에서는 폐업 이후에도 사업을 계속했고 대표가 사내이사로 남아 있어 과세가 취소되었습니다. 결과를 정하는 것은 폐업 그 자체가 아니라 폐업한 다음에 그 법인이 무엇을 했는지입니다.

결론을 정한 것은 모두 폐업 전후의 사실관계였습니다.

법령·근거
  • 가지급금의 정의 - 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목 및 같은 법 시행령 제53조 제1항(특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서, 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액)
  • 대손금 적용 배제 - 법인세법 제19조의2 제2항 제2호(제1항은 제28조제1항제4호나목에 해당하는 가지급금 등에는 적용하지 아니한다. 이 경우 특수관계인에 대한 판단은 대여시점을 기준으로 한다)
  • 미회수 가지급금의 익금산입 - 법인세법 시행령 제11조 제9호 가목(제2조제8항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등). 2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전에는 제9호의2
  • 미회수 이자의 익금산입 - 같은 조 제9호 나목(특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자)
  • 익금산입 배제 사유 - 법인세법 시행규칙 제6조의2(쟁송으로 회수 불가능, 담보 제공 또는 강제집행으로 채권 확보, 상계할 수 있는 채무 보유, 그 밖에 이와 비슷한 사유로서 회수하지 아니하는 것이 정당하다고 인정되는 경우)
  • 소득처분 - 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 나목(귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여). 귀속이 불분명하면 같은 호 단서에 따라 대표자에게 귀속된 것으로 본다
  • 조항의 성격 - 대법원 2021. 7. 29. 선고 2020두39655 판결(특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 않은 업무무관 가지급금 등은 구 법인세법 제15조 제1항이 정한 익금에는 해당하지 않지만 소득처분을 위한 조세정책상 이유로 익금으로 보는 것)
  • 회수 포기의 관념 - 대법원 2021. 8. 12. 선고 2018두34305 판결(이자의 회수 포기는 일단 그 이자 상당액만큼 법인의 순자산이 증가하였다가 같은 금액만큼 사외유출되는 거래로 관념할 수 있다)
  • 원칙 - 서울고등법원 2007. 4. 10. 선고 2006누12519 판결, 상고심 대법원 2007. 7. 26. 선고 2007두8416 판결 심리불속행 기각(주식회사의 경우 부가가치세법상 폐업신고를 하더라도 법인이 해산되어 청산사무가 종결될 때까지는 특수관계가 유지되는 것이 원칙)
  • 원칙 - 대법원 2021. 8. 12. 선고 2020두51723 판결(직권 폐업되었다는 사정만으로는 특수관계가 바로 소멸하였다고 볼 수 없고, 직권 폐업 후 3년 내에 회사를 계속하지 않으면 청산이 종결된 것으로 간주된다는 근거도 없다. 부당행위계산부인 경로도 배척). 원심 = 수원고등법원 2020. 10. 7. 선고 2019누14021 판결
  • 예외 - 서울고등법원 2006누12519 판결(가지급금을 회수하지 아니한 채 폐업상태를 유지하여 실질에 있어 해산 또는 청산된 것과 다름없는 상태에 이르렀음에도 장기간 세금을 부과할 수 없게 되면 조세공평의 원칙에 반하는 경우와 같은 특별한 사정이 있는 경우에는 폐업일에 특수관계가 소멸하였다고 볼 수 있다)
  • 예외가 인정된 사례 - 대구지방법원 2024. 5. 22. 선고 2023구합1298 판결, 대구고등법원 2025. 1. 10. 선고 2024누11274 판결 항소기각, 대법원 2025. 5. 1. 선고 2025두32876 판결 심리불속행 기각(폐업일 무렵 및 그 이후 영업활동을 하지 않았고 2021. 12. 1. 상법 제520조의2 제1항에 의하여 해산간주되었으며 회수하려고 노력한 사정이 전혀 보이지 않는다. 870,878,515원 상여처분, 종합소득세 149,773,150원)
  • 채권 소멸 후의 과세 - 대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두16561 판결(법인이 특수관계자에 대한 구상금 채권을 포기하였다면 그 후에는 더 이상 그 채권의 보유를 전제로 한 지급이자 손금불산입이나 인정이자 익금산입을 할 수 없다)
  • 소멸시효와 경정청구 - 서울행정법원 2026. 5. 23. 선고 2024구합89474 판결(민사 확정판결로 소멸시효 완성이 확정되면 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 경정청구 사유에 해당하고, 실체법상 시효가 완성된 채권은 같은 조 제1항의 통상적 경정청구 대상. 다만 후발적 경정청구는 기판력 범위까지, 통상적 경정청구는 법정신고기한 후 5년 이내)
  • 소멸시효의 한계 - 대구고등법원 2025. 1. 10. 선고 2024누11274 판결(폐업 시까지 회수하지 아니한 채권은 해당 사업연도 당시 소멸시효가 완성되지 않아 인정이자 산입대상이 되는 채권이다)
  • 휴면회사의 해산 - 상법 제520조의2 제1항·제4항(최후의 등기 후 5년을 경과한 회사가 공고 후 2월 내에 신고하지 아니하면 해산한 것으로 보고, 그 후 3년 이내에 회사를 계속하지 아니하면 그 3년이 경과한 때에 청산이 종결된 것으로 본다)
  • 직권 등록말소 - 부가가치세법 제8조 제7항 및 같은 법 시행령 제15조 제2항(6개월 이상 사업 미개시, 부도발생·고액체납 등으로 도산하여 소재 불명, 인가·허가 취소 등으로 사실상 폐업상태, 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부가가치세 무신고와 사실상 폐업상태, 그 밖에 이와 유사한 사유)
  • 직권폐업 사례 - 조세심판원 2022. 5. 23. 조심2022중1906 결정(고액체납과 소재 불명으로 직권폐업된 법인의 폐업 당시 미회수 대표자 가지급금을 상여로 소득처분한 처분은 정당하다고 보아 기각)
  • 청산소득 - 법인세법 제79조 제1항(잔여재산의 가액에서 해산등기일 현재 자기자본의 총액을 공제한 금액), 제84조 제1항 제1호 및 제3항(잔여재산가액확정일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내 신고, 청산소득 금액이 없는 경우에도 적용)
  • 제2차 납세의무 - 국세기본법 제38조(청산인은 분배하거나 인도한 재산의 가액, 잔여재산을 분배받거나 인도받은 자는 각자가 받은 재산의 가액을 한도로 한다), 제39조(과점주주)
  • 사업양수도로 승계한 경우 - 국세청 기준-2022-법무법인-0201(2022. 12. 23.)(시행규칙 제6조의2 제4호에 해당할 수 있으나 사실판단 사항이며, 양수도계약서 등의 계약내용, 매매대금 산정 시 가지급금 포함 여부, 가지급금 원장, 회수가능성을 고려한다)

자주 묻는 질문

폐업신고만 하고 법인 등기를 그대로 두면 어떻게 되나요?

법인격은 살아 있고 가지급금 채권도 그대로 남습니다. 원칙적으로는 청산사무가 종결될 때까지 특수관계가 유지되지만, 회수 노력 없이 폐업 상태를 유지해 실질적으로 청산된 것과 다름없는 상태에 이르면 폐업일에 특수관계가 소멸한 것으로 볼 수 있습니다.

회사가 완전히 없어지면 세금도 없어지나요?

가지급금에서 나온 세금은 대표 개인의 종합소득세입니다. 법인이 사라져도 개인에게 부과된 세금은 남습니다. 여기에 더해 국세기본법 제38조는 청산인과 잔여재산을 분배받은 자에게, 제39조는 과점주주에게 제2차 납세의무를 지웁니다.

세무서가 마음대로 폐업 처리할 수도 있나요?

부가가치세법 제8조 제7항과 시행령 제15조 제2항에 따라 직권으로 사업자등록을 말소할 수 있습니다. 6개월 이상 사업 미개시, 고액체납과 소재 불명, 두 과세기간 이상 부가가치세 무신고와 사실상 폐업 상태 등이 사유입니다. 조심2022중1906 결정에서 직권폐업 처분을 다툰 청구는 기각되었습니다.

받을 수 없는 돈이 명백한데도 대손처리가 안 되나요?

법인세법 제19조의2 제2항 제2호가 가지급금에 대해서는 대손금 규정 자체를 적용하지 않는다고 정하고 있습니다. 특수관계 판단은 대여시점 기준이라 나중에 대표에서 물러나도 결과는 같습니다.

소멸시효가 지나면 정리되는 것 아닌가요?

시효가 완성된 이후 사업연도부터는 채권 보유를 전제로 한 인정이자 익금산입과 지급이자 손금불산입을 할 수 없습니다. 다만 특수관계 소멸로 과세가 이루어지는 시점이 시효 완성보다 앞서면 시효는 작동하지 않습니다. 대구고등법원 2024누11274 판결이 같은 주장을 배척했습니다.

이미 상여처분을 받았는데 지금이라도 갚으면 되나요?

서울고등법원 2006누12519 사건에서는 세무조사 이후에 청산절차를 개시하고 청산종결등기 전에 전액을 변제해 과세가 취소되었습니다. 다만 이는 그 사건의 사실관계에 대한 판단이고, 이미 확정된 처분을 되돌리려면 불복 절차의 기한 요건을 따로 갖춰야 합니다.

장부에 가지급금이 있다고 신고했는데 사실은 받은 적이 없다고 하면 되나요?

대구지방법원 2023구합1298 판결은 이 주장을 받아들이지 않았습니다. 허위로 가지급금을 계상하면 인정이자만큼 법인세가 늘고 나중에 상여처분으로 소득세까지 늘어나므로, 그렇게 신고할 합리적 이유를 찾기 어렵다고 보았습니다.

등기부상 대표가 아니었으면 상여처분을 피할 수 있나요?

수원고등법원 2019누14021 판결은 사내이사로 등기되어 있으면 시행령 제106조 제1항 제1호 나목의 임원에 해당함이 추정되고, 명목상 임원에 불과하다는 점은 납세자가 증명해야 한다고 보았습니다. 반대로 대구지방법원 2023구합1298 사건에서는 등기부상 대표가 아닌 기간에도 실질적 대표로 인정되어 상여처분이 유지되었습니다.

폐업하고 오래 지났으면 부과제척기간이 끝난 것 아닌가요?

대구지방법원 2023구합1298 사건에서 납세자가 같은 주장을 했으나 받아들여지지 않았습니다. 2015년 귀속 종합소득세의 부과제척기간은 2016년 6월 1일부터 기산되고 특별한 사정이 없으면 5년입니다. 폐업일은 2015년 7월 28일, 처분일은 2021년 4월 19일이었고 법원은 기간 내라고 보았습니다.

이자만 안 받아도 문제가 되나요?

시행령 제11조 제9호 나목이 특수관계가 소멸하지 않은 경우에도 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 않으면 그 이자를 익금에 산입하도록 정하고 있습니다. 폐업이나 특수관계 소멸과 무관하게 매년 작동합니다.

가지급금을 남긴 채 법인을 정리해야 한다면

같은 폐업인데 과세가 유지된 사건과 취소된 사건이 나뉩니다. 결론을 정한 것은 폐업 그 자체가 아니라 폐업 전후의 사실관계였습니다. 장부와 등기, 회수 내역을 함께 놓고 정리해 드립니다.

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