종중 토지를 양도할 때의 세금 (법인으로 보는 단체 승인, 고유목적사업, 양도소득세와 법인세 비교)

같은 종중 땅을 같은 값에 양도해도 세금은 크게 달라집니다. 양도차익 10억원을 기준으로 개인으로 보면 2억 8,271만원, 법인으로 보면 1억 9,800만원이 부과됩니다(지방소득세 포함, 장기보유특별공제 30퍼센트 적용). 선산으로 관리해 온 임야라면 법인세가 아예 부과되지 않는 경우도 있습니다. 종중이 세법상 어떤 인격으로 취급되는지에 따라 계산 구조 자체가 바뀌기 때문입니다.

법인으로 보는 단체란 무엇인가

법인 등기를 하지 않은 사단이나 재단이라도 일정 요건을 갖추면 세법에서는 법인으로 취급합니다. 국세기본법 제13조가 그 근거이고, 여기에 해당하면 소득세가 아니라 법인세를 납부하게 됩니다. 종중, 동창회, 아파트 입주자대표회의처럼 등기 없이 오래 존속해 온 단체가 주로 문제됩니다.

두 가지 경로가 있습니다. 제13조 제1항은 주무관청의 허가나 인가를 받아 설립되었거나 법령에 따라 등록한 단체, 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단을 당연히 법인으로 봅니다. 제13조 제2항은 그 밖의 단체가 요건을 갖추어 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 경우를 규정합니다. 종중은 주무관청의 허가를 받아 설립되는 단체가 아니므로 두 번째 경로를 거치게 됩니다.

승인을 받지 않은 종중은 소득세법 제2조 제3항에 따라 1거주자로 봅니다. 한 사람의 개인처럼 보아 소득세를 부과한다는 의미이고, 토지를 양도하면 양도소득세를 신고하게 됩니다.

승인 요건은 무엇을 요구하는가

국세기본법 제13조 제2항은 세 가지를 모두 갖출 것을 요구합니다.

신청서에는 단체의 명칭, 주사무소 소재지, 대표자나 관리인의 성명과 주소, 고유사업, 재산상황, 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정을 적어 제출합니다. 관할 세무서장은 신청일부터 10일 이내에 승인 여부를 통지합니다(국세기본법 시행령 제8조).

세 번째 요건은 승인 이후에도 계속 지켜야 합니다. 요건을 갖추지 못하게 되면 관할 세무서장은 지체 없이 승인을 취소하여야 합니다.

세금은 어디에서 달라지는가

승인을 받으면 세법상 비영리내국법인이 됩니다. 법인세법 제4조 제3항은 비영리내국법인의 각 사업연도 소득을 수익사업에서 생기는 소득으로 한정합니다. 토지 양도는 같은 항 제5호의 유형자산 처분수입에 해당하는데, 여기에 단서가 붙어 있습니다. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입이되 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다는 문장입니다.

시행령 제3조 제2항이 그 범위를 정합니다. 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령이나 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분수입이 제외 대상입니다. 요건을 충족하면 각 사업연도 소득 자체가 성립하지 않으므로 법인세가 부과되지 않습니다.

개인으로 보는 종중에는 이런 규정이 없습니다. 선산이든 위토든 양도하면 양도소득세가 부과됩니다. 같은 땅을 양도해도 한쪽은 과세 여부부터 다투고 다른 한쪽은 세액만 계산하게 됩니다.

2025년 2월 28일 개정으로 이 규정에 두 번째 기준이 추가되었습니다. 10년 이상 고유목적사업에 직접 사용했다면 처분일 현재 사용하고 있지 않더라도 보유일수 중 사용일수 비율만큼 제외됩니다. 두 기준에 모두 해당하면 큰 쪽을 적용합니다. 선산으로서의 기능을 잃은 지 몇 해 지난 임야에도 적용을 검토할 수 있는 규정입니다.

고유목적사업에 직접 사용했다는 것은 무엇을 의미하는가

결정례를 보면 선산과 위토의 결론이 반대입니다.

분묘가 있고 관리와 제사가 확인되며 수용 전까지 다른 용도로 쓰이지 않은 임야는 인정되었습니다. 조세심판원은 종중 정관에 분묘관리가 목적사업으로 규정되어 있고 선조들의 분묘가 실제로 존재하며 종중 구성원들이 분묘 보존을 위해 노력한 점을 근거로 3년 이상 계속 사용한 것으로 보아 과세를 취소했습니다(조심2022부1923, 2022. 6. 14.).

반면 봉제사 재원을 마련하려고 종중원이 경작하던 위토는 반복적으로 부인되었습니다. 조세심판원은 종중원의 경작행위를 간접적 사용에 불과하다고 보았고(조심2021광1085, 2021. 10. 26.), 제3자에게 임대한 토지에 대해서도 임료가 고유목적사업 경비에 쓰였더라도 간접적으로 기여한 것에 지나지 않는다고 판단했습니다(조심2020인0470, 2020. 5. 1.). 대법원 역시 농지의 임대가 종중의 고유목적사업에 포함되지 않는다고 보아 심리불속행으로 확정했습니다(대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두55494).

주의할 문언이 하나 더 있습니다. 국세청은 선산으로 쓰던 임야라도 처분일 이전에 선산으로서의 기능을 상실한 경우에는 정당한 사유가 있는지 여부를 묻지 않고 수익사업 소득에 해당한다고 회신했습니다(사전-2023-법규법인-0887, 2024. 3. 27.). 사정이 딱한 경우를 구제하는 규정이 아니라는 뜻입니다.

종중 재산은 선산과 위토가 함께 있는 경우가 대부분입니다. 조심2021광1085에서도 양도된 임야와 전 110,490제곱미터 가운데 종중원에게 임대된 21,534제곱미터만 과세대상이 되었습니다.

요건이 부인되어도 세금 차이는 남는가

남습니다. 고유목적사업 요건이 부인되어 과세되더라도 세목이 양도소득세에서 법인세로 바뀌는 것만으로 세액이 달라집니다.

법인으로 보는 단체는 두 가지 계산방식 중에서 고를 수 있습니다.

개인으로 보는 종중은 두 번째 계산만 가능합니다. 법인 쪽은 둘 중 작은 값을 택할 수 있어 계산상 개인보다 불리해지는 자리가 없습니다.

장기보유특별공제 30퍼센트를 적용하고 지방소득세를 포함한 세액은 다음과 같습니다.

양도차익 9,350만원 부근에서 세액이 역전됩니다. 그 아래에서는 개인 쪽 세액이 작고, 그 위로는 법인 쪽 세액이 작습니다. 소액 양도라면 승인을 받아도 실익이 없거나 오히려 세액이 늘어날 수 있습니다.

비사업용 토지에 해당하면 법인에도 토지등 양도소득에 대한 법인세 10퍼센트가 추가로 부과됩니다(법인세법 제55조의2). 그 경우에도 양도차익 3억원에서 1,062만원, 10억원에서 5,143만원의 차이가 남습니다.

이미 양도소득세를 신고했다면 되돌릴 수 있는가

되돌린 사례가 있습니다. 법인세법 시행령 제4조 제2항은 최초사업연도 개시일 전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있고 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위에서 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있도록 정하고 있습니다.

국세청도 같은 취지로 회신했습니다. 승인 전에 부동산을 양도하고 1거주자로 양도소득세를 신고하고 납부한 경우라도, 양도손익을 구성원에게 분배하지 않고 사실상 단체에 귀속시킨 것이 확인되며 조세포탈의 우려가 없으면 최초사업연도 손익에 산입할 수 있다는 내용입니다(서면-2016-법령해석법인-3484, 2016. 7. 11.).

법원에서도 확정되었습니다. 1971년 취득한 임야가 2014년 1월 10일 수용되어 보상금 18억 2,202만원을 수령하고 양도소득세 3억 9,303만원을 신고하고 납부한 종중이 같은 해 9월 3일 승인을 받은 뒤 경정청구를 했습니다. 과세관청이 거부하고 조세심판원도 기각했으나 법원은 경정거부처분을 취소했고, 대법원이 심리불속행으로 확정했습니다(대법원 2017. 2. 15. 선고 2016두57014).

여기서 정확히 이해할 점이 있습니다. 승인이 소급되는 것이 아닙니다. 승인의 효력은 승인일부터 발생하고(법인세법 시행령 제4조 제1항 제1호 라목), 시행령 제4조 제2항이 승인 전에 생긴 손익을 최초사업연도로 끌어올 수 있게 열어 줄 뿐입니다.

기한은 경정청구 5년이 아니다

가장 잘 놓치는 대목입니다. 경정청구 기간은 5년이지만 실제 기한은 시행령 제4조 제2항의 1년이 결정합니다.

서울고등법원은 승인일이 속한 사업연도의 종료일에서 역산하여 1년을 넘지 않아야 한다고 판시했습니다. 위 사건에서 승인일은 2014년 9월 3일, 종중 정관상 사업연도는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지여서 최초사업연도는 2014년 12월 31일까지였고, 보상금을 받은 2014년 1월 10일은 그 기간 안에 있었습니다(서울고등법원 2016. 10. 12. 선고 2016누39452).

반대 사례도 있습니다. 2021년 12월 14일에 양도하고 2022년 2월 4일에 승인을 받은 종중은 최초사업연도가 2022년 12월 31일까지여서 양도일부터 382일이 되었고, 조세심판원은 1년을 초과한다는 이유로 심판청구를 기각했습니다(조심2022전7182, 2023. 3. 7.).

사업연도가 1월 1일부터 12월 31일까지인 보통의 종중이라면 양도한 해를 넘기면 이 규정을 쓸 수 없게 됩니다. 12월에 양도하고 이듬해에 승인을 신청하는 경우가 실제로 막혔습니다.

종중 땅은 비사업용 토지 중과를 피하는가

2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한합니다. 소득세법 시행령과 법인세법 시행령에 종중 소유 농지, 임야, 목장용지를 비사업용 토지에서 제외하는 규정이 있는데 모두 이 단서가 붙어 있습니다. 개인과 법인 어느 쪽을 택하든 같습니다.

오해가 생기는 자리는 재산세입니다. 종중이 소유하는 농지와 임야는 취득시기와 관계없이 재산세가 분리과세됩니다(지방세법 제106조 제1항 제3호, 같은 법 시행령 제102조). 그런데 재산세 분리과세 대상이라는 이유로 비사업용 토지에서 빠지는 규정은 소득세법 제104조의3 제1항 제4호와 법인세법 제55조의2 제2항 제4호, 즉 농지와 임야와 목장용지 이외의 토지에만 열려 있습니다. 종중 임야와 농지는 각각 별도의 호에서 판정하므로 이 통로를 쓸 수 없습니다.

취득시기와 무관한 통로가 하나 있습니다. 제사와 종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 임야와 농지는 비사업용 토지에서 제외됩니다. 법인세법 시행령은 이를 지방세법 시행령 제22조의 비영리사업자로 연결하는데, 그 제1호가 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체입니다. 봉제사와 분묘관리를 목적사업으로 하는 종중이 해당할 여지를 검토할 수 있습니다.

수용되는 경우에는 어떻게 되는가

종중 토지는 도로, 철도, 산업단지 사업으로 수용되는 경우가 많습니다.

공익사업용 토지 등에 대한 감면은 양도소득세의 15퍼센트입니다. 보상금을 채권으로 받으면 20퍼센트, 3년 이상 만기까지 보유하기로 특약을 체결하면 35퍼센트, 만기가 5년 이상이면 45퍼센트까지 감면됩니다(조세특례제한법 제77조, 2025년 3월 14일 개정). 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지여야 합니다.

이 감면은 법인으로 보는 단체도 적용받을 수 있습니다. 국세청은 비영리내국법인이 법인세법 제62조의2에 따라 신고하는 경우 조세특례제한법 제77조의 감면규정을 적용할 수 있다고 회신했고(법인세과-602, 2009. 5. 21.), 조세특례제한법 시행령 제72조 제8항도 감면신청 주체에 법인세법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인을 명시하고 있습니다.

반대로 자경농지 감면은 승인을 받으면 적용되지 않습니다. 조세특례제한법 제69조가 농지 소재지에 거주하는 거주자를 대상으로 하기 때문입니다. 대법원은 비영리내국법인인 원고에게 자경농지 감면규정을 적용할 수 없다고 보아 심리불속행으로 확정했습니다(대법원 2017. 11. 29. 선고 2017두57523).

한편 조세특례제한법 기본통칙 69-0…3 제2항은 종중소유농지를 종중원 중 일부가 농지소재지에 거주하면서 직접 농작물을 경작하는 경우 자경농지로 본다고 정하고 있습니다. 승인을 받지 않은 종중이라면 이 통칙에 따른 감면을 검토할 수 있습니다. 위토를 두고 개인과 법인의 결론이 반대가 되는 이유가 여기에 있습니다.

매각대금을 종원에게 나누면 어떻게 되는가

세금보다 먼저 승인이 문제됩니다. 수익을 구성원에게 분배하지 않을 것이 승인 요건 자체이므로, 분배하면 요건을 잃고 관할 세무서장은 지체 없이 승인을 취소하여야 합니다(국세기본법 시행령 제8조 제4항).

증여세도 검토 대상입니다. 국세청은 종중재산의 매각대금을 무상으로 종중원에게 분배하는 경우 그 분배한 대금에 대하여 종중원에게 증여세가 과세된다고 회신했습니다(서면인터넷방문상담4팀-559, 2008. 3. 4.).

승인 후에는 되돌리기도 어렵습니다. 국세기본법 제13조 제3항은 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지 거주자로 변경할 수 없다고 정하고 있습니다.

정리

종중 토지의 세금은 세율표를 보기 전에 두 가지에서 결론이 달라집니다. 세법상 인격을 무엇으로 보느냐, 그리고 그 땅을 고유목적사업에 직접 사용해 왔느냐입니다. 선산과 위토가 섞인 종중 재산이라면 필지마다 답이 달라지므로 전체를 한 번에 판단할 수 없습니다.

필지별 이용현황과 취득 시기, 양도 예정일과 승인 시점을 함께 놓고 확인해 보시기 바랍니다.

다음 편에서는 종중 명의로 회복한 토지의 취득시기와 취득가액을 다루겠습니다.

지창언 세무사 | jco0302@naver.com | 010-4846-6954