거주한 적 없는 임대주택, 일시적 2주택 비과세가 되는가 (2019년 12월 16일 이전 등록, 2026년 처분기한 2년)

조정대상지역에서 산 집이라도 2019년 12월 16일 이전에 임대사업자 등록을 신청했다면, 한 번도 거주하지 않았어도 일시적 2주택 비과세가 적용될 수 있습니다. 국세청은 등록이 자동말소된 뒤에도 이 면제를 인정해 왔고, 등록 당시 2주택이던 사안에서 면제를 인정한 회신도 있습니다(부칙 문언을 직접 해석한 회신은 아닙니다). 다만 비과세가 되는 범위는 앞서 판 거주주택의 양도일 이후 기간분으로 줄어듭니다. 2026년 10월 1일부터는 처분기한도 3년에서 2년으로 짧아질 수 있습니다. 아래에서는 가상 사례 하나로 이 내용을 차례로 정리합니다.

임대주택 거주요건 면제란 무엇인가

1세대 1주택 비과세는 보유기간 2년이 기본 요건입니다. 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택은 여기에 더해 보유기간 중 2년 이상 거주해야 합니다(소득세법 시행령 제154조 제1항). 거주요건 면제란 이 2년 거주를 따지지 않는 예외를 말합니다. 2020년 2월 11일 개정 전 시행령 제154조 제1항 제4호는 세무서 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자등록을 모두 마친 임대주택을 이 예외에 넣고 있었습니다. 개정으로 이 호는 삭제되었습니다. 그러나 부칙이 조정대상지역에 1주택을 보유한 거주자로서 2019년 12월 16일 이전에 그 주택의 등록을 신청한 경우에는 종전 규정을 계속 적용하도록 정해 두었습니다.

사례로 보는 시간 순서

B에는 한 번도 거주하지 않았습니다. 질문은 B를 일시적 2주택으로 양도할 때 비과세가 되는지, 된다면 어디까지인지입니다. 이 사례는 이해를 돕기 위해 만든 가상 사례입니다.

2019년 12월 16일 이전 등록이면 무엇이 달라지는가

근거는 대통령령 제30395호(2020.2.11) 부칙 제38조 제2항입니다. 이 조항은 "1세대가 조정대상지역에 1주택을 보유한 거주자로서 2019년 12월 16일 이전에 해당 주택을 임대하기 위해" 사업자등록과 임대사업자등록을 신청한 경우, 해당 주택을 개정 이후 양도하더라도 종전 규정을 따르도록 정하고 있습니다. 문언이 "등록을 신청한 경우"이므로 기준일은 등록 신청일입니다. 사례의 B는 2017년 11월에 두 등록을 모두 신청했으므로 신청 시기 요건은 충족합니다. "1주택을 보유한 거주자로서"라는 요건은 아래에서 따로 봅니다. 다만 종전 제4호의 단서는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조를 위반하여 임대의무기간 중에 해당 주택을 양도하는 경우와 임대보증금 또는 임대료의 연 증가율이 5퍼센트를 초과하는 경우를 면제 대상에서 제외하고 있습니다.

자동말소된 뒤에도 면제가 유지되는가

국세청은 자동말소 뒤에도 면제를 유지했습니다. 서면-2022-법규재산-4654(2023.7.10) 사례는 2019년 3월 단기임대로 등록한 주택이 2023년 3월 자동말소되었고, 그 뒤 임대료를 5퍼센트 넘게 올린 경우입니다. 회신은 이 경우에도 거주기간의 제한을 받지 않는다고 보았습니다. 일시적 2주택에 대한 회신도 있습니다. 서면-2020-부동산-5304(2021.9.29)는 "소득세법 시행령 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 적용 시에도" 해당 주택은 거주기간의 제한을 받지 않는다고 답했습니다. 사례의 B도 2021년 11월 자동말소 이후 계속 임대 중이며, 이번 양도는 일시적 2주택 특례를 적용받는 경우입니다.

등록할 때 이미 집이 두 채였다면

부칙 문언은 "조정대상지역에 1주택을 보유한 거주자로서"입니다. 사례의 B를 등록하던 2017년 11월에는 A도 있었으므로 세대 기준으로는 2주택이었습니다. 확인한 국세청 회신 중 두 건이 이와 같은 사실관계입니다. 서면-2022-부동산-3729(2023.5.15)는 A를 보유한 상태에서 2018년 9월 B를 단기임대로 등록한 사안이고, 사전-2022-법규재산-0298은 A를 보유한 상태에서 2018년 12월 별도세대 동생과 공동으로 취득한 B를 등록한 사안입니다. 두 회신 모두 거주기간 제한이 없다고 결론을 냈습니다. 0298은 회신에서 "조정대상지역에 1주택을 2년 이상 보유한 1세대"라는 표현을 등록한 그 주택을 가리키는 뜻으로 쓴 것으로 읽힙니다. 다만 "1주택을 보유한 거주자로서"라는 문언을 정면으로 해석한 회신은 찾지 못했습니다. 위 결론은 두 회신의 사실관계와 결론에서 읽어 낸 것이므로, 과세관청이 문언대로 세대 전체의 주택 수를 따진다면 이 문구가 쟁점이 됩니다.

거주주택 특례의 2년 거주를 B가 다시 채워야 하는가

A를 팔 때 적용받은 거주주택 특례(시행령 제155조 제20항)에는 거주주택 쪽 2년 거주요건(같은 항 제1호)이 있습니다. 이 요건이 나중에 B를 팔 때 B에도 따라붙는지가 문제입니다. 서면-2023-법규재산-0426(2023.7.13)은 거주주택 특례로 A를 양도한 뒤 C를 취득하고, 거주한 적 없는 임대주택 B를 C 취득 후 3년 안에 양도한 사안입니다. 회신은 재산세제과-1081을 참조하면서, 이 경우 제155조 제20항 제1호의 거주요건은 고려하지 않는다고 보았습니다. 다만 0426의 B는 취득 당시 비조정대상지역이어서 처음부터 거주요건이 없던 주택이었습니다. 사례의 B는 조정대상지역 취득분이라 위의 부칙 면제가 별도로 필요합니다.

비과세는 어느 기간분까지인가

시행령 제154조 제10항은 거주주택 특례를 받은 뒤 남은 임대주택을 양도하는 경우 "직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만" 1세대 1주택 비과세를 적용합니다. 서면-2017-부동산-2544(2018.1.6)도 장기임대주택을 보유한 상태에서 일시적 2주택 특례를 적용할 때, 그 주택이 직전거주주택보유주택이면 직전거주주택 양도일 후의 기간분만 1주택으로 본다고 답했습니다. 사례의 B는 2017년에 취득했기 때문에 대통령령 제29523호 부칙 제7조 제1항에 따라 개정 전 제10항 제2호가 적용됩니다. 다만 B 보유 중에 A를 양도했으므로 결론은 같습니다. 따라서 B의 양도가액이 12억원 이하라면, 양도차익 중 2025년 10월(A 양도일) 이전 기간분은 과세되고 그 이후 기간분만 비과세됩니다. 기간분은 기준시가로 나누어 계산하며(시행령 제161조), 계산 방법은 9월 15일 글 「9억원에 판 임대주택, 왜 양도세가 나올까요?」에 정리했습니다.

2026년 10월부터 처분기한은 몇 년인가

2026년 9월 30일 개정된 시행령 제155조 제1항은 처분기한을 둘로 나눴습니다. 신규주택 취득일 현재 종전주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역의 신규주택을 취득하면 2년이고, 그 밖의 경우는 종전대로 3년입니다. 다만 조정대상지역 공고일 이전에 신규주택을 취득했거나 매매계약을 맺고 계약금을 지급한 사실이 확인되면 2년 대상에서 빠집니다. 대통령령 제36737호 부칙 제2조에 따라 2년 기한은 2026년 8월 4일 이후 신규주택을 취득하고 2026년 10월 1일 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 적용됩니다. 2026년 8월 3일 이전에 취득했거나 매매계약을 맺고 계약금을 지급한 사실이 확인되면 3년이 적용됩니다. 사례의 C는 2026년 9월에 매매계약을 맺고 계약금을 지급했고, 그때 이미 조정대상지역이었다고 가정합니다. 이 경우 C 취득일 현재 B와 C가 모두 조정대상지역에 있다면 C 취득일부터 2년 안에 B를 양도해야 합니다. 일부에서 1년으로 줄었다는 이야기가 있지만, 조문상 기한은 2년입니다.

토지거래허가구역이면 언제부터 세는가

토지거래허가구역 안의 주택은 허가를 받기 전 계약의 효력이 확정되지 않습니다. 국세청은 토지거래허가구역 안 부동산의 양도·취득시기에 관한 회신(서면인터넷방문상담4팀-3094, 토지에 관한 재산세과-3932 등)에서, 대금을 청산한 뒤 허가를 받으면 계약이 소급해 유효해지므로 대금청산일을 그 시기로 보았습니다. 허가를 받지 못하면 대금을 청산했더라도 취득으로 보지 않습니다. 사례의 C는 2026년 11월 잔금일이 취득일이 됩니다. 이 날을 기준으로 처분기한의 시작일과, B·C가 조정대상지역인지를 함께 판단합니다.

앞서 판 거주주택에도 기한이 있었는가

B의 비과세는 A의 거주주택 특례가 유효하다는 전제 위에 있습니다. 시행령 제155조 제23항은 자동말소된 장기임대주택의 경우 "해당 등록이 말소된 이후(…) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여" 거주주택 특례를 적용합니다. 사례는 2021년 11월 말소, 2025년 10월 A 양도이므로 5년 안에 들어갑니다. 이 조항은 2026년 9월 30일 개정에서 괄호 안 문구 등이 일부 바뀌었지만, 말소 후 5년이라는 기한은 그대로입니다. 날짜 비교의 근거는 자동말소 통지서의 말소일과 A의 잔금일입니다.

확인 항목 정리

판단에 필요한 서류는 임대사업자 등록 신청일이 나오는 등록증, 세무서 사업자등록증, 자동말소 통지서, 임대료 증액 내역이 담긴 임대차계약서, A·C의 매매계약서와 잔금 영수증, C의 토지거래허가증입니다.