공사비를 지급하고도 세금계산서를 제때 받지 못할 때가 있습니다. 부가세 신고를 마친 뒤에야 도착한 세금계산서를 보면, 이미 공제받을 기회를 놓친 것 아닌가 싶습니다.
늦게 받았어도 매입세액을 공제받을 길은 있습니다. 먼저 원래 공급시기와 확정신고기한을 확인하고, 언제 발급받았는지에 따라 절차를 나눠야 합니다. 공제를 받을 수 있는지와 가산세를 부담하는지는 별개입니다. 일반과세자가 실제로 공급받은 과세 공사용역을 기준으로 보겠습니다. 부가가치세법 시행령 제75조
기준은 회사가 신고한 날이 아닙니다
가상의 사례입니다. 건설회사가 2026년 6월 30일에 공급받은 공사용역의 세금계산서를 제때 받지 못했습니다. 회사는 7월 15일 부가세 신고를 마쳤는데, 세금계산서는 7월 20일에 발급받았습니다. 공급시기와 거래 내용은 증빙으로 확인되고, 본래 매입세액공제 대상인 거래입니다.
회사는 이미 신고했지만, 2026년 제1기 확정신고기한은 7월 27일입니다. 7월 25일이 토요일이어서 다음 월요일이 기한이 됩니다. 따라서 이 거래는 ‘확정신고기한이 지난 뒤 수취한 경우’가 아닙니다. 국세청 2026년 제1기 확정신고 안내
공급시기가 지난 뒤 발급받았더라도 해당 과세기간의 확정신고기한까지 받았다면, 시행령 제75조 제3호의 공제 예외를 검토할 수 있습니다. 위 회사는 기한 안에 공제를 반영하도록 이미 제출한 신고 내용을 바로잡아야 합니다. 토지나 면세사업 관련 매입처럼 본래 불공제인 세금까지 공제해 주는 규정은 아닙니다. 부가가치세법 시행령 제75조 제3호
확정신고기한이 지났어도 확인할 것이 있습니다
같은 세금계산서를 8월 10일에 발급받았다면 어떨까요? 이번에는 확정신고기한이 지났으므로 시행령 제75조 제7호의 요건을 살펴야 합니다.
이 규정은 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 발급받는 것을 전제로 합니다. 여기에 세금계산서를 첨부한 공급자의 수정신고서와 공급받는 자의 경정청구서를 함께 제출하거나, 과세관청이 거래 사실을 확인해 결정·경정하는 요건까지 충족해야 합니다. ‘1년 안에 받으면 자동으로 공제된다’는 뜻은 아닙니다. 부가가치세법 시행령 제75조 제7호
늦게 받은 세금계산서를 8월 매입으로 옮겨 넣어서도 안 됩니다. 원래 공급시기는 6월이므로 그 거래가 속한 과세기간의 신고를 검토해야 합니다. 거래처와 발급일만 맞출 일이 아니라, 양쪽의 신고를 어떻게 바로잡을지까지 확인할 일입니다.
공제와 가산세는 함께 계산합니다
다음은 실제 과세거래의 일반적인 발급 지연에 적용되는 기본율입니다. 비율을 곱하는 대상은 부가세액이 아니라 공급가액입니다. 부가가치세법 제60조 제2항·제7항 · 시행령 제108조 제5항
| 상황 | 부담하는 쪽 | 기본 가산세율 |
|---|---|---|
| 발급시기를 넘겼지만 해당 확정신고기한까지 발급 | 공급자 | 공급가액의 1% |
| 해당 확정신고기한까지 발급하지 않음 | 공급자 | 공급가액의 2% |
| 제75조 제3호·제7호의 지연수취 예외로 공제 | 공급받는 자 | 공급가액의 0.5% |
공급가액이 1억원이고 부가세가 1천만원이라면, 공급받는 회사의 0.5% 가산세는 50만원입니다. 따라서 공제 요건을 갖추어 매입세액 1천만원을 공제받더라도, 지연수취에 따른 가산세 50만원은 별도로 검토해야 합니다.
전자세금계산서는 발급과 국세청 전송을 구분합니다. 제때 발급했지만 전송기한인 발급일 다음 날을 넘겨 해당 확정신고기한까지 전송했다면 공급자에게 0.3%, 그때까지 전송하지 않았다면 0.5%가 적용됩니다. 적법한 전자 발급 사실이 확인된다면 국세청 미전송만으로 공급받는 자의 공제를 부인하지는 않습니다. 전자 발급 의무자가 제때 종이로 발급한 경우도 공급자의 1% 가산세와 공급받는 자의 공제 여부를 나눠 봅니다. 필요한 기재사항과 거래 사실이 확인되는 종이 세금계산서를 제때 받았다면, 전자 방식이 아니라는 이유만으로 공급받는 자에게 지연수취 가산세를 붙이지 않습니다. 국세청 전자세금계산서 가산세 안내 · 시행령 제75조 제4호·제5호
그렇다고 발급 지연과 전송 지연의 비율을 모두 더하는 것은 아닙니다. 같은 부분에 법 제60조 제2항 제1호·제2호가 적용되면 전송 관련 제3호·제4호는 중복 적용하지 않습니다. 매출 신고나 납부까지 누락한 데 따른 가산세는 별도로 검토해야 합니다. 수정신고에 따른 과소신고가산세 감면을 위 표의 세금계산서 가산세에 그대로 적용해서도 안 됩니다. 부가가치세법 제60조 제2항 · 국세기본법 제48조 제2항
거래처가 끝내 발급하지 않는다면
발급 의무가 있는 거래처가 세금계산서를 주지 않을 때에는 매입자발행세금계산서를 검토할 수 있습니다. 거래 건당 부가세를 포함한 공급대가가 5만원 이상이어야 하고, 원칙적으로 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 이내에 거래 사실 확인을 신청합니다. 과세관청의 확인을 거쳐 발행하는 제도입니다. 부가가치세법 시행령 제71조의2
앞서 설명한 두 제도는 모두 ‘1년’이 등장하지만 출발점이 다릅니다.
| 검토할 제도 | 기한의 기준 |
|---|---|
| 확정신고기한 후 지연수취 공제 | 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내 발급받음 + 별도 신고·확인 요건 |
| 매입자발행세금계산서 | 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 이내 거래 사실 확인 신청 |
발급 거부로 공제를 받지 못한 손해는 별도 문제입니다. 대법원은 공급자가 부가세까지 지급받고도 정당한 사유 없이 발급하지 않아 상대방이 공제받지 못했다면, 원칙적으로 그 손해를 배상할 책임이 있다고 보았습니다. 매입자발행세금계산서 절차를 이용하지 않았다는 이유만으로 그 책임이 사라지는 것도 아니라고 판단했습니다. 대법원 2017. 12. 28. 선고 2017다265266
다만 이 판결에서 실제 다툰 임대인은 전차인에게 직접 용역을 공급한 사람이 아니어서, 그 전차인에 대한 발급 의무가 인정되지 않았습니다. 판결이 밝힌 일반 원칙과 개별 사건의 결론을 구분해야 합니다. 손해배상을 검토할 때에도 실제 공급자, 부가세 지급 여부, 발급하지 않은 사유, 공제받지 못한 손해를 확인해야 하며, 발급 거부 사실만으로 부가세 전액의 배상이 정해지는 것은 아닙니다.
늦게 받은 세금계산서를 발견했다면 원래 공급일, 확정신고기한, 실제 발급일, 발급·전송 이력을 먼저 확인해야 합니다. 계약서, 이체 내역, 기성확인서와 발급 요청 기록을 모아 거래처와 필요한 절차를 맞추면 됩니다. 신고를 마쳤다는 이유만으로 공제를 포기하기 전에, 적용할 수 있는 요건과 남은 기한부터 확인할 일입니다.
지창언 세무사