기성금에 맞춰 세금계산서를 발급했는데 나중에 공사금액이 줄었습니다. 계약이 해제돼 먼저 받은 돈을 돌려주는 경우도 있습니다. 이미 발급한 세금계산서를 어떻게 정리해야 할까요?
수정 사유에 해당하면 수정세금계산서를 발급하되, 무엇 때문에 고치는지부터 구분해야 합니다. 계약이 뒤늦게 바뀐 경우와 처음부터 잘못 발급한 경우는 작성일과 신고 처리도 달라질 수 있습니다. 부가가치세법 시행령 제70조(수정 발급 사유)
나중에 생긴 변화인지, 처음부터 잘못된 것인지
수정세금계산서의 작성일을 정할 때 자주 쓰는 구분은 다음과 같습니다. 부가가치세법 시행령 제70조의 사유별 발급 절차
| 수정 사유 | 작성일·처리의 기준 |
|---|---|
| 계약 해제로 재화·용역이 공급되지 않음 | 계약해제일에 해당 금액을 음수로 발급 |
| 정산 합의 등으로 공급가액이 늘거나 줄어듦 | 증감 사유가 발생한 날에 차액을 발급 |
| 구입했던 자재를 반품함 | 실제 환입된 날에 반품 금액을 음수로 발급 |
| 당초 필요적 기재사항을 잘못 적음 | 법정 사유·기한을 충족하면 당초 작성일로 잘못된 건을 취소하고 올바른 건을 발급 |
| 면세 거래에 세금계산서를 잘못 발급함 | 당초 작성일로 잘못 발급한 세금계산서를 음수 취소. 별도의 계산서 발급 의무는 해당 거래의 규정으로 판단 |
가상의 사례를 들어 보겠습니다. 당초 공급가액 1억원에 대해 적법하게 발급했는데, 9월 15일 정산 합의가 성립해 공사대금을 1천만원 줄이기로 했습니다. 실제로 공급가액이 그날 변경된 경우라면 9월 15일을 작성일로 공급가액 마이너스 1천만원, 세액 마이너스 100만원을 발급합니다. 공사대금이 실제로 줄어든 것이 아니라 지급이 늦어졌거나 회수가 어려워진 것이라면 이 예를 그대로 적용하지 않습니다.
국세청도 지분제 공사계약에서 당사자 간 정산 합의로 대금이 줄어든 사안에 대해, 최종 공사금액이 확정된 날에 감액분을 수정 발급할 수 있다고 회신했습니다. 계약 형태만으로 결론 낸 것이 아니라 실제 대가가 확정·변경됐다는 전제가 있습니다. 법규부가2013-421, 2013. 10. 29.
당초 발급이 맞았고 이후 감액 사유가 생긴 것이므로, 단지 마이너스 세금계산서가 생겼다는 이유로 과거 신고를 무조건 고치는 것은 아닙니다. 반대로 원래 과세·면세를 잘못 판단하거나 금액을 잘못 신고했다면 당초 신고기간의 수정신고 또는 경정청구까지 살펴야 합니다. 수정세금계산서 발급과 신고 정정은 같은 말이 아닙니다.
발급기한도 작성일과 구별해야 합니다. 계약해제·금액변동·환입에 관해 실제 거래를 확인할 수 있는 증명서류를 갖추고 다음 달 10일까지 발급하는 규정을 적용하는 경우에는, 사유가 생긴 날을 작성일로 기재해 그 기한 안에 발급합니다. 부가가치세법 제34조
계약을 끝냈어도 이미 한 공사는 남습니다
공사를 일부 진행한 뒤 계약을 종료했다면 ‘계약이 없어졌으니 전액 취소’라고 처리하면 안 됩니다. 이미 제공한 공사와 그 대가를 정산하고, 공급되지 않은 부분과 반환할 금액을 구분해야 합니다. 계약 해제로 공급 자체가 없어진 경우에 적용하는 규정을, 이미 완료된 공사까지 지우는 근거로 사용할 수는 없습니다. 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제2·3호
분양계약이 해제돼 계약금을 반환하거나 위약금으로 남기는 경우도 같은 순서로 봅니다. 먼저 당초 공급에 관한 수정세금계산서를 검토하고, 남기거나 추가 지급하는 돈이 무엇에 대한 대가인지 따로 판단합니다. 실제 재화·용역의 대가가 없는 순수한 손해배상금과, 이름만 위약금일 뿐 이미 제공한 공사의 정산대금인 금액을 섞지 않아야 합니다.
개인에게 지급하는 위약금에는 기타소득과 원천징수 문제도 생길 수 있습니다. 원금 반환액까지 모두 기타소득으로 보지 말고, 지급 자체의 손해를 넘는 배상인지 확인해야 합니다. 이미 받은 계약금이 위약금으로 바뀌는 경우에는 원천징수 규정의 예외도 있습니다. 개인과 법인, 추가 지급과 계약금 대체를 구분해 검토해야 하는 이유입니다. 서면-2024-원천-2926 · 부동산 매매대금 지연손해금 사례 소득세법 제127조 제1항 제6호
위약금을 되돌려줬다는 사실만으로 회사의 기업업무추진비라고 분류하는 것도 피해야 합니다. 지급 의무와 합의 경위, 사업상 이유를 확인해 비용의 성격을 판단합니다. 관련 원천징수와 합의금 문제는 21편에서도 연결해 다룹니다.
번호 오류와 거래 후의 변화를 구분합니다
사업자등록번호를 잘못 적은 경우에는 실제 거래 상대와 오류 경위를 먼저 확인해야 합니다. 착오인지 다른 사유인지에 따라 수정 요건이 다르고, 착오 외 사유의 필요적 기재사항 수정에는 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내라는 규정과 경정을 미리 안 경우의 제한 등이 있습니다. 예전 자료의 ‘신고기한 후에는 모두 수정 불가’라는 설명만으로 결론 내릴 수 없습니다. 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5·6호
이를 ‘1년 안에 고치면 가산세도 없다’고 읽어서는 안 됩니다. 공급받는 자를 잘못 적은 사례나 본점·지점을 잘못 적은 사례의 회신은 각 사안의 수정 시점과 신고·납부 경위를 전제로 합니다. 본점과 지점이 각각 등록된 사례에서 본점 명의로 잘못 발급한 건을 부가세 예정신고기한 전에 지점 명의로 고치고, 해당 과세기간에 실제 공급자가 신고·납부한 경우를 다룬 회신도 있습니다. 기획재정부 부가가치세제과-538, 2014. 9. 5. 기획재정부 부가가치세제과-228, 2017. 4. 26.
발급 당시 상대방이 사업자등록을 하지 않아 주민등록번호로 적법하게 발급한 뒤, 나중에 사업자등록을 했다는 이유로 번호를 바꾸어 달라는 경우는 다릅니다. 국세청은 이를 처음부터 번호를 잘못 적은 경우와 구별해 수정 발급할 수 없다고 회신했습니다. 서면인터넷방문상담3팀-2499, 2004. 12. 9.
면세 거래에 세금계산서를 잘못 발급했다면 취소 사유를 검토하되, 이를 영세율 세금계산서로 바꾸는 것은 아닙니다. 면세와 영세율은 서로 다른 제도입니다. 반대로 과세 거래에 계산서를 발급했다면 계산서 취소와 세금계산서 발급을 검토하고, 공급시기에 비춰 지연 발급 가산세도 확인해야 합니다. 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제8호
설계변경과 폐업은 공급 사실부터 살핍니다
설계변경으로 주택의 면적과 과세·면세 비율이 바뀌었다면 변경 전후의 공급을 구분해야 합니다. 국세청은 설계변경으로 과세 공사가 면세 국민주택 공사로 바뀌어도, 변경 허가 전에 공급한 과세 건설용역을 소급해 면세로 고칠 수 없다고 봤습니다. 처음부터 면세였는데 잘못 발급한 경우와 결론이 다릅니다. 서면-2016-부가-4805, 2016. 11. 27.
폐업한 쪽이 공급자인지 공급받는 자인지도 나누어야 합니다. 국세청은 공급자의 폐업으로 계약이 취소돼 재화·용역을 공급받지 못한 경우, 매입자가 앞서 공제받은 매입세액을 취소 사유가 발생한 과세기간의 납부세액에 더해야 한다고 회신했습니다. 수정세금계산서를 받기 어렵다는 이유만으로 기존 공제를 유지할 수는 없다는 뜻입니다. 이 회신을 근거로 ‘누구든 폐업하면 수정 발급이 모두 불가능하다’고 확대해서도 안 됩니다. 서면인터넷방문상담3팀-305, 2005. 3. 3.
수정 요청을 받으면 당초 세금계산서, 변경 계약서·해제 합의서, 기성 정산표, 변경 사유가 확정된 날짜, 실제 반환 내역을 한 묶음으로 준비하면 수정 사유와 금액을 확인하기 수월합니다. ‘마이너스 한 장’보다 먼저 필요한 것은 왜, 언제, 얼마를 바꾸는지 설명하는 자료입니다.
지창언 세무사