상가와 국민주택을 함께 짓는 현장에 설계비와 자재비 세금계산서가 쌓입니다. 상가 면적이 40%이니 모든 부가세의 40%만 공제하면 될까요?
먼저 과세사업과 면세사업에 직접 속하는 매입을 나누고, 구분할 수 없는 공통매입세액만 안분해야 합니다. 직접 귀속을 확인하지 않은 채 현장 전체의 비율을 모든 세금계산서에 적용하면 공제를 너무 많이 받거나 너무 적게 받을 수 있습니다. 부가가치세법 제40조 부가가치세법 시행령 제81조 · 공통매입세액 안분 원칙

상가 전용 설비는 먼저 따로 봅니다
상가에만 설치한 설비의 매입세액과 건물 전체에 공통으로 들어간 비용은 다릅니다. 상가 설비가 과세사업에 직접 귀속되고 다른 불공제 사유도 없다면 그 매입세액은 공제 대상입니다. 면세사업에 직접 귀속되는 세액은 공제하지 않습니다. 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 금액이 안분 대상입니다.
국민주택 공사에 대한 면세 계산서와 상가 공사에 대한 세금계산서를 이미 적정하게 나누어 받은 경우도 있습니다. 상가에 직접 귀속되는 세금계산서의 부가세를 현장 전체의 주택 비율로 다시 줄여서는 안 됩니다. 다만 청구서만 형식적으로 나눈 것인지 실제 공사와 대가가 구분되는지는 확인해야 합니다.
토지 관련 매입세액, 업무와 관계없는 지출, 비영업용 소형승용차 관련 비용, 기업업무추진비 등 다른 사유로 공제되지 않는 세액도 먼저 구분해야 합니다. 이들을 공통매입세액에 넣어 일부라도 공제하는 방식은 맞지 않습니다. 부가가치세법 제39조
매출이 없으면 시행사와 시공사의 계산이 달라질 수 있습니다
공통매입세액은 원칙적으로 과세·면세 공급가액의 비율을 이용해 계산합니다. 하지만 착공 단계에는 아직 공급가액이 없거나 한쪽 사업의 공급가액만 생기는 경우가 있습니다. 이런 경우 시행령은 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율의 적용 순서를 규정합니다. 부가가치세법 시행령 제81조 · 공급가액이 없는 경우
건물을 직접 신축·취득하는 경우에는 적용 순서가 달라집니다. 건물을 신축·취득하면서 과세·면세사업에 사용할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적 비율을 우선합니다. 자기 건물을 신축하는 시행사·건축주의 사례를 설명할 때 많이 사용하는 규정입니다.
그러나 남의 건물을 지어 주는 시공사가 그 규정을 그대로 가져오면 안 됩니다. 국세청은 건설용역을 제공하는 시공사에 공급가액이 없는 경우, 매입가액·예정공급가액·예정사용면적의 순서에 따라 안분하도록 설명합니다. 건물 자체를 취득·신축하는 사업자에게 적용되는 면적 우선 단서를 용역 공급자에게 자동 적용하지 않는다는 뜻입니다. 서면-2022-부가-1062(2023.1.12.)
앞선 11편의 과세·면세 공사대금 비율을 복사해 시공사의 매입세액 공제표에 그대로 넣으면 안 됩니다. 먼저 이 회사가 건물을 분양하는 시행사인지, 도급대금을 받는 시공사인지부터 확인해야 합니다.
예정면적으로 공제했다면 확정될 때 정산합니다
건물을 직접 신축하는 시행사의 사례를 보겠습니다. 직접 귀속 세액과 토지 관련 등 불공제 세액을 구분하고도 남은 공통매입세액이 1억원입니다. 예정사용면적 중 과세사업이 40%, 면세사업이 60%라면 공제세액은 4천만원입니다.
나중에 확정된 사용면적은 과세 50%, 면세 50%이고, 비교 대상 공통매입세액 합계는 여전히 1억원이라고 가정하겠습니다. 최종 공제 대상은 5천만원이므로 이미 공제한 4천만원과의 차액 1천만원을 추가 공제하는 정산이 필요합니다. 면세면적이 오히려 늘었다면 반대로 납부할 세액이 생길 수 있습니다. 실제 정산에서는 누적 공통매입세액과 기존 공제 내역 전체를 대조합니다. 부가가치세법 시행령 제82조
이것이 최초 안분의 정산입니다. 감가상각자산을 사용한 뒤 과세·면세 비율이 다시 달라져 공제세액을 재계산하는 문제는 구분해야 합니다. 후자의 경우 시행령은 취득 당시 또는 마지막 재계산 때와 비교한 면세 비율의 차이가 5%포인트 이상인지 등을 봅니다. ‘종전 비율보다 상대적으로 5% 증가’라는 뜻이 아닙니다. 건물의 경과 과세기간에 따른 감소율도 함께 적용합니다. 부가가치세법 시행령 제83조
분양비와 본사비는 어느 사업의 비용인지 다시 봅니다
분양대행수수료가 토지와 건물을 함께 판매하기 위한 공통 비용이면 건물 가격만 보고 전액 공제할 수 없습니다. 반대로 특정 과세 건물 부분에만 직접 귀속되는 비용이라면 그 귀속부터 반영해야 합니다.
모델하우스도 무엇을 분양하기 위한 시설인지에 따라 다릅니다. 국세청은 국민주택규모를 초과하는 과세 아파트의 분양을 위한 모델하우스 설치비와 그 부지 임차료의 매입세액을 공제할 수 있다고 회신했습니다. 과세 오피스텔 분양을 위한 설치비에 대해서도 공제를 설명한 사례가 있습니다. 서면인터넷방문상담3팀-3334(2007.12.14.) 부가46015-2196(1997.9.24.)
반면 면세 국민주택 공급을 위한 모델하우스 신축 관련 매입세액은 공제하지 않는다는 회신도 있습니다. 과세·면세 주택을 함께 보여 주는 모델하우스라면 직접 귀속을 나누고, 남는 공통 비용에 안분 규정을 적용해야 합니다. 모델하우스라는 이름만 보고 전액 공제하거나, 토지를 함께 분양한다는 이유로 설치비 전부에 토지 비율을 일률 적용해서는 안 됩니다. 부가46015-975(1996.5.20.)
본사 사옥 일부는 과세 임대, 일부는 면세사업, 일부는 여러 공사를 관리하는 사무실이라면 본사 건물 전체에 특정 현장 하나의 비율을 적용하기 어렵습니다. 전용 공간과 공통 공간, 각 공간이 지원하는 사업부터 나누어야 합니다. 건물 전체와 현장별 장부를 오가며 같은 비용을 두 번 안분하지 않았는지도 확인해야 합니다.
안분을 생략하는 소액 등의 예외도 있습니다. 대표적으로 면세 공급가액 비율이 5% 미만인 경우의 규정에는 공통매입세액 500만원 이상에 대한 제한이 붙습니다. 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 규정도 별도로 있습니다. 비율 하나만 보고 예외를 적용하지 말고 해당 과세기간의 금액 요건까지 대조해야 합니다. 부가가치세법 시행령 제81조 · 소액 등의 예외
월별 매입장에는 직접 과세, 직접 면세, 다른 불공제, 공통을 구분합니다. 공통 항목에는 계산 근거와 정산 여부도 함께 기록해야 합니다. 비율을 잘 계산하는 것보다 먼저 해야 할 일은 그 비율을 적용할 비용을 제대로 고르는 것입니다.

지창언 세무사