분양이 안 되어 임대를 놓으면 돌려받은 부가세를 다시 내야 하나요?

분양이 늦어져 빈 호실에 임차인을 받기로 했습니다. 공사할 때에는 부가세를 공제받았는데, 이제 주거용으로 임대하면 그 세금을 다시 내야 할까요?

과세사업을 위해 공제받은 건물을 면세인 주택임대사업으로 전환하면 면세전용에 따른 부가세가 생길 수 있습니다. 다만 미분양 상태에서 일시적·잠정적으로 임대하는 경우와 실제 임대사업으로 전환한 경우는 구분해야 합니다. 임대차계약서를 썼다는 사실 하나로 모든 사례의 답이 정해지지는 않습니다. 부가가치세법 제10조 서면인터넷방문상담3팀-1634(2005.9.27.)

월세의 면세와 건물의 면세전용을 따로 봅니다

상시주거용 임대의 대가는 부가세 면세 규정에 따라 판단합니다. 국민주택규모 이하인지에 따라 분양의 면세를 판단하는 것과 다르므로, 큰 주택이나 오피스텔도 실제 주거용 임대 여부를 별도로 보아야 합니다. 사업을 위한 주거용 등 법령에서 제외한 경우는 구별합니다. 부가가치세법 시행령 제41조

그런데 임대료가 면세라는 사실과, 건물을 주택임대사업에 사용하면서 한 번 계산하는 면세전용 세액은 다른 문제입니다. 공제받은 재화를 자기의 면세사업에 직접 사용하면 법에서 정한 재화의 공급으로 보는 규정이 적용될 수 있습니다. 현금으로 환급받은 적이 없고 다른 매출세액에서 매입세액을 차감했더라도, 이미 공제한 세액인지 확인해야 합니다. 부가가치세법 제10조

반대로 처음부터 면세인 주거용 임대사업을 위해 취득했다면 매입세액 공제 단계부터 다시 살펴야 합니다. ‘일단 환급받고 임대할 때 일부만 돌려주자’는 선택지가 언제나 있는 것은 아닙니다. 부가가치세법 제39조

‘잠깐 임대’라는 말보다 실제 분양 활동을 봅니다

국세청은 분양 목적으로 신축했다가 미분양으로 일시적·잠정적으로 주거용 임대한 경우에는 면세전용으로 보지 않는다고 회신했습니다. 동시에 당초 사업목적, 임대조건, 실제 사업내용, 분양공고와 계약내용 등을 종합해 판단하도록 설명했습니다. 몇 개월 이하면 괜찮다는 획일적인 기간 기준은 아닙니다. 서면인터넷방문상담3팀-1634(2005.9.27.)

분양 광고와 중개 의뢰가 실제로 계속되고 있는지, 매수인이 나타났을 때 임대차를 어떻게 처리하기로 했는지, 장기 임대 운영으로 수익계획을 바꿨는지를 함께 살펴야 합니다. 임대사업자 등록 여부도 실제 운영 방식과 함께 봅니다. 장부에 계속 재고자산으로 적어 두었다고 실제 사용이 임대사업으로 바뀐 사실을 지울 수는 없습니다.

국세청 심사결정에는 준공 전 민간임대주택 등록과 상시 주거 사용 등 사실관계를 보아 일시 임대라는 주장을 받아들이지 않은 사례도 있습니다. 이런 사건은 임대기간이나 등록 한 가지가 자동 판정 기준이라는 뜻이 아니라, ‘다시 팔 생각이었다’는 설명만으로는 부족할 수 있음을 보여 줍니다. 국세청 심사-부가-2022-0023(2022.9.28)

건물이 재고자산인지 감가상각자산인지에 따라 계산도 다릅니다

면세전용 세액을 언제나 예전에 공제받은 금액으로 계산하지는 않습니다. 재고자산이라면 면세전용 시 공급가액은 시가를 기준으로 검토해야 합니다. 시가는 실제로 유사한 조건에서 거래된 가격 등을 뜻하므로, 회사가 정해 둔 분양 희망가격을 그대로 쓰는 것도 아닙니다. 감가상각자산인 건물에는 취득가액과 경과 과세기간을 이용하는 별도 규정이 있습니다. 부가가치세법 제29조 제3항·제11항 부가가치세법 시행령 제62조 · 시가 기준 같은 시행령 제66조 · 감가상각자산 특례

따라서 미분양 재고의 원가에 무조건 5%씩 줄이는 공식을 적용할 수는 없습니다. 먼저 전환 당시 자산의 성격과 적용할 공급가액 규정을 정해야 합니다. 장부의 계정 이름만 바꿨다는 사실로 결정되는 문제도 아닙니다.

아래는 미분양 재고가 아닌 과세 임대에 사용하던 감가상각자산의 새 사례입니다. 일반적인 반기 과세기간을 전제로, 2026년 상반기에 건물가액 2억원과 부가세 2천만원을 지급하고 전액 공제받아 업무용으로 임대했습니다. 같은 해 하반기에 전부 상시주거용 임대로 전환했고, 다른 조정 사유는 없다고 가정하겠습니다.

건물의 기간별 감소율은 1과세기간당 5%이고, 경과 과세기간의 계산 방법도 시행령에 따릅니다. 달수로 나누는 감가상각비 계산과 다릅니다. 건물의 일부만 전환하거나 처음부터 일부 공제한 사례에는 이 표를 그대로 적용할 수는 없습니다. 부가가치세법 시행령 제66조

14편의 공통매입세액을 안분한 감가상각자산은 이후 면세 비율 변화에 따른 공제세액 재계산을 별도로 검토합니다. 예컨대 취득 관련 매입세액 1천만원, 경과 2과세기간, 면세 비율 30%에서 50%로 증가한 건물에 해당 규정을 적용하는 사례라면 조정액은 1천만원 × 90% × 20%포인트 = 180만원입니다. 이 재계산과 앞 표의 면세전용을 같은 사실관계에 중복 적용해서는 안 됩니다. 부가가치세법 시행령 제83조

나중에 다시 과세사업에 사용하는 경우에는 면세사업용 감가상각자산의 과세사업 전환에 관한 매입세액 공제 특례도 확인해야 합니다. 전에 낸 금액 전부가 자동으로 돌아오는 것이 아니라, 자산·기간·전환 비율·신고 요건에 따라 판단합니다. 부가가치세법 시행령 제85조

임대 뒤에 팔 때의 부가세도 다음 문제로 남습니다

국세청은 분양하려던 국민주택규모 초과 주택을 실제 면세 주택임대사업에 사용하다가 그 사업에 부수하여 양도하는 경우에는 면세, 판매사업을 유지하면서 일시적·잠정적으로 임대하다 양도하는 경우에는 과세한다고 설명했습니다. 주거용 임대를 한 적이 있다는 사실만으로 이후 매각이 모두 면세가 되는 것은 아닙니다. 사전-2018-법령해석부가-0805(2018.12.26.)

임대차계약서에 매수인이 나타나면 매매에 협조한다는 문구를 넣는 것만으로 일시 임대가 확정되지는 않습니다. 실제 분양 활동과 운영 방식이 그 문구를 뒷받침해야 합니다.

임차인을 받기 전에 기존 공제 내역, 호실별 사용 현황, 분양 활동, 임대조건과 사업계획 변경일을 정리해야 합니다. 임대 전환을 결정하는 날이 부가세를 다시 계산해야 할 날과 연결될 수 있습니다. 자금 사정 때문에 시작한 임대라면, 들어올 보증금뿐 아니라 그 결정으로 생기는 세금까지 함께 계산해 두어야 합니다.

지창언 세무사