계약서에 ‘사업의 포괄양도이므로 부가세 없음’이라고 적었습니다. 이 한 문장으로 건물과 사업을 넘기는 거래의 부가세가 정리될까요? 사업양도에 해당하는지는 계약서의 선언보다 실제로 무엇을 넘겼는지에 달려 있습니다.
건물 한 채와 운영 중인 사업은 다릅니다
사업 양도에 관한 규정은 사업장별로 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 구조를 전제로 합니다. 다만 미수금·미지급금, 사업과 직접 관련 없는 일정한 토지·건물 등 법령이 정한 일부 항목을 제외했다고 해서 반드시 사업양도에서 탈락하는 것은 아닙니다. 부가가치세법 시행령 제23조
건설회사가 개발사업을 넘긴다면 토지·건물 외에도 분양계약, 공사계약, 인허가와 금융 약정, 거래처에 대한 의무 등 무엇을 승계하는지 보아야 합니다. 토지만 팔고 기존 사업 관계는 청산했다면, 사업을 그대로 넘겼다는 주장과 실제 거래가 맞는지 검토해야 합니다.
임대 건물 매매도 같습니다. 임대차와 보증금 반환의무, 임대 운영이 어떻게 이어지는지 확인합니다. 양수인이 일부 공간을 직접 사용하거나 사업 종류를 추가·변경하는 경우에는 그 사실만으로 자동 탈락이라고 단정하지 말고, 사업의 포괄적 승계가 이루어졌는지 규정과 사실관계를 함께 보아야 합니다.

면세와는 다른 규정입니다
요건을 갖춘 사업양도는 재화의 공급으로 보지 않는 규정입니다. 토지가 면세라서 부가세를 받지 않는 것과 법적 이유가 다릅니다. 계약 전체가 사업양도에 해당하지 않는다면 자산별 과세·면세와 과세표준을 다시 검토해야 합니다. 부가가치세법 제10조
예를 들어 매매대금 15억원 중 토지와 건물의 가액을 정해 놓지 않았는데, 나중에 사업양도가 아니라고 판단됐다고 해 보겠습니다. 건물에 대한 부가세 부담뿐 아니라 누가 추가로 부담할지, 가격에 포함된 것으로 볼지까지 분쟁이 생길 수 있습니다.
| 사업양도가 아닌 경우의 가상 계산 | 금액 |
|---|---|
| 적정하게 구분한 토지가액 | 9억원 |
| 건물 공급가액 | 6억원 |
| 건물 부가세 10% | 6천만원 |
| 부가세 별도 약정 시 총액 | 15억6천만원 |
토지·건물 가액이 적정하고 건물이 과세 대상이며 부가세를 별도로 받는다는 가정입니다. 실제 계약이 부가세 포함 가격인지, 안분한 가액이 인정되는지는 따로 확인해야 합니다.
그래서 계약에는 승계 대상 명세와 함께 세무 판단이 달라질 경우의 대금 정산 방법도 구체적으로 적어야 합니다. 다만 당사자 사이에서 세금을 누가 부담하기로 했는지와 세법상 납세의무자가 누구인지는 별개입니다.
사업 양수인의 대리납부는 사업양도인지 분명하지 않은 경우에도 검토할 수 있습니다. 대가를 지급할 때 부가세를 징수하고, 그 지급일이 속하는 달의 다음 달 25일까지 납부하는 제도입니다. 양수자·양도자 인적사항, 대가와 부가세액 등을 적은 대리납부신고서를 함께 제출해야 합니다. 대금에서 세액만 보류하는 것으로 끝나지 않습니다. 부가가치세법 시행령 제95조 제5항 부가가치세법 제52조
이 절차에 따라 실제 징수·납부한 경우는 사업양도를 재화의 공급으로 보지 않는 규정의 예외가 됩니다. 양수인의 매입세액은 세금계산서와 과세사업 사용 등 공제 요건을 별도로 확인합니다. 대리납부를 했다는 이유만으로 면세사업 관련 매입세액까지 공제되는 것은 아닙니다.
사업양도 여부는 잔금일 직전에 붙이는 특약으로 해결하기 어렵습니다. 자산 목록과 계약·인력·채무의 승계 범위를 협의할 때 부가세 판단을 함께 끝내야 대금 협상에도 그 결과를 반영할 수 있습니다.

지창언 세무사