세무조사 통지서를 받으면 어떤 자료부터 내야 할지 막막해집니다. 장부를 전부 출력하기 전에 먼저 할 일이 있습니다. 어느 세목과 기간을, 어떤 범위로 조사하는지 통지서부터 읽는 것입니다. 확인된 범위에 맞춰 현장 자료와 신고 내용을 연결해야 준비가 시작됩니다.
통지서의 날짜와 조사 범위부터
정기조사인지 비정기조사인지, 전체 조사인지 특정 거래를 확인하는지에 따라 준비할 자료가 달라집니다. 법인세 조사라 하더라도 공사 진행률, 부가세 신고와의 차이, 노무비와 원천징수 자료가 함께 쟁점이 될 수 있습니다. 조사 통지 자체를 곧바로 탈세 판정으로 받아들일 필요는 없습니다.
현행 국세기본법상 일반적인 사전통지는 조사 시작 20일 전입니다. 일정한 재조사에는 7일 기준이 있고, 사전통지로 증거인멸 등 조사 목적을 달성하기 어렵다고 인정되는 경우에는 예외가 있습니다. 과거 자료의 15일 안내를 그대로 적용해서는 안 됩니다. 국세기본법 제81조의7
재해 등으로 조사를 받기 어려운 사정이 있다면 법정 사유에 따른 연기 신청을 검토할 수 있습니다. 신청하면 자동으로 연기되는 것은 아니므로 사유와 입증자료, 결정 내용을 확인해야 합니다. 통지서 수령일과 조사 예정일도 따로 기록해 두십시오.

공사 한 건을 처음부터 끝까지 설명할 수 있게
현장별 계약서와 변경계약, 기성 청구, 원가명세, 세금계산서, 입출금, 결산 매출을 한 흐름으로 정리합니다. 금액이 다르면 무리하게 같게 고칠 것이 아니라 진행률이나 청구 시점 등 차이의 이유를 설명해야 합니다. 장부와 실제 거래가 다를 때에는 명칭보다 실질을 확인하는 원칙이 적용됩니다. 국세기본법 제14조
| 현장 자료 | 신고와 연결할 항목 |
|---|---|
| 계약·변경계약·기성 내역 | 도급금액과 청구 시점 |
| 작업·검수·원가 명세 | 실제 공정과 비용 귀속 |
| 세금계산서·입출금 | 공급 시기와 결제·미수 잔액 |
| 결산 조정·신고서 | 진행률 매출과 차이의 이유 |
자료는 원본을 보존하고 제출본과 제출일을 따로 관리하면 제출 내용을 확인하기 쉽습니다. 조사자가 무엇을 요청했는지, 회사가 어떤 근거로 답했는지 남아 있어야 나중에 설명이 바뀌지 않습니다. 없는 계약서나 확인서를 과거 날짜로 만들거나 실제 거래에 맞지 않는 설명을 붙여서는 안 됩니다.
조사 중에도 확인할 권리가 있습니다
세무대리인의 조력을 받아 요청자료와 조사 범위를 확인하고 사실관계가 다른 부분을 설명할 수 있습니다. 조사 범위가 확대되거나 이미 조사받은 기간을 다시 조사한다면 그 근거와 절차를 확인해야 합니다. 재조사 제한에는 예외가 있으므로 “전에 조사받았으니 이번에는 모두 위법”이라는 단정도 피해야 합니다.
조력을 받을 권리는 국세기본법 제81조의5에 근거합니다. 대리인이 조사에 참여하거나 의견을 진술할 수 있으므로 자료 제출 창구와 답변 담당자를 미리 정하면 같은 사실을 서로 다르게 설명하는 일을 줄일 수 있습니다. 국세기본법 제81조의5
자료 제출 요구를 막연히 거부하는 일도 해법이 되지 않습니다. 보유하지 않은 자료, 제출에 시간이 필요한 자료, 요구 범위가 불분명한 자료는 그 사유와 범위를 구체적으로 설명하고 대응을 기록해야 합니다. 정당한 요구 불이행에 따르는 제재와 납세자 권리 보호는 각각 살펴야 합니다.
결과 통지를 받은 뒤에도 기한이 흐릅니다
과세예고 등 법정 통지에 이견이 있는 경우에는 요건에 따라 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 일반적인 청구기한은 통지를 받은 날부터 30일이며, 법에 적용 제외 사유도 있으므로 해당 통지의 종류와 절차를 확인해야 합니다. 국세기본법 제81조의15
심사청구와 심판청구는 통상 처분을 안 날, 통지를 받았다면 받은 날부터 90일 이내라는 별도 기한을 적용합니다. 이의신청을 거쳤는지에 따른 기산일 등은 해당 절차에 맞춰 확인합니다. 국세기본법 제61조 제68조
고지 이후의 불복은 별도 절차와 기한을 따릅니다. 조사 중 제출한 의견서 한 장이 이후의 정식 불복 청구를 대신하는 것은 아닙니다. 결과 통지일과 고지서 수령일을 분리하여 관리해야 하는 이유입니다.
잘 정리된 조사 준비는 과거 거래를 새로 꾸미는 일이 아닙니다. 계약·현장·계좌·신고서가 실제로 어떻게 연결되는지 보여주고, 다른 판단에는 자료로 의견을 내는 일입니다. 준비의 중심을 여기에 두면 필요한 대응과 불필요한 불안을 구별하기가 쉬워집니다.

지창언 세무사